IPB

Здравствуйте, Гость ( Авторизация | Регистрация )

ОтветитьСоздать новую темуСоздать новое голосование

Схематически · [ Стандартно ] · Линейно

> ДНК-генеалогия

asan-kaygy
post Sep 28 2018, 06:42
Создана #481


Цензор
*************

Группа: Пользователи
Сообщений: 5187
Зарегистрирован: 6-May 08
Пользователь №: 1414



Генофонд татар
Сегодня в шоу-руме Высшей школы журналистики и медиакоммуникаций КФУ обсудили генетические исследования генома татар. Основным спикером выступил заведующий лабораторией геномной географии Института общей генетики им.Н.И. Вавилова РАН Олег Балановский.
https://www.youtube.com/watch?v=nvJxi0ndhQs&feature=youtu.be


--------------------
Пользователь offlineПрофайлОтправить личное сообщение
Вернуться к началу страницы
+Цитировать сообщение
asan-kaygy
post Oct 5 2018, 06:41
Создана #482


Цензор
*************

Группа: Пользователи
Сообщений: 5187
Зарегистрирован: 6-May 08
Пользователь №: 1414





--------------------
Пользователь offlineПрофайлОтправить личное сообщение
Вернуться к началу страницы
+Цитировать сообщение
asan-kaygy
post Oct 5 2018, 11:36
Создана #483


Цензор
*************

Группа: Пользователи
Сообщений: 5187
Зарегистрирован: 6-May 08
Пользователь №: 1414





--------------------
Пользователь offlineПрофайлОтправить личное сообщение
Вернуться к началу страницы
+Цитировать сообщение
asan-kaygy
post Oct 19 2018, 14:31
Создана #484


Цензор
*************

Группа: Пользователи
Сообщений: 5187
Зарегистрирован: 6-May 08
Пользователь №: 1414





--------------------
Пользователь offlineПрофайлОтправить личное сообщение
Вернуться к началу страницы
+Цитировать сообщение
asan-kaygy
post Oct 23 2018, 06:08
Создана #485


Цензор
*************

Группа: Пользователи
Сообщений: 5187
Зарегистрирован: 6-May 08
Пользователь №: 1414



QUOTE
https://www.biorxiv.org/content/early/2018/10/22/448829

The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene

Martin Sikora, Vladimir Pitulko, Vitor Sousa, Morten E Allentoft, Lasse Vinner, Simon Rasmussen, Ashot Margaryan, Peter de Barros Damgaard, Constanza de la Fuente Castro, Gabriel Renaud, Melinda Yang, Qiaomei Fu, Isabelle Dupanloup, Konstantinos Giampoudakis, David Bravo Nogues, Carsten Rahbek, Guus Kroonen, Michael Peyrot, Hugh McColl, Sergey Vasilyev, Elizaveta Veselovskaya, Margarita Gerasimova, Elena Pavlova, Vyacheslav Chasnyk, Pavel Nikolskiy, Pavel Grebenyuk, Alexander Fedorchenko, Alexander Lebedintsev, Boris Malyarchuk, Morten Meldgaard, Rui Martiniano, Laura Arppe, Jukka Palo, Tarja Sundell, Kristiina Mannermaa, Mikko Putkonen, Verner Alexandersen, Charlotte Primeau, Ripan Mahli, Karl-Göran Sjögren, Kristian Kristiansen, Anna Wessman, Antti Sajantila, Marta Mirazohn Lahr, Richard Durbin, Rasmus Nielsen, David Meltzer, Laurent Excoffier, Eske Willerslev

Abstract

Far northeastern Siberia has been occupied by humans for more than 40 thousand years. Yet, owing to a scarcity of early archaeological sites and human remains, its population history and relationship to ancient and modern populations across Eurasia and the Americas are poorly understood. Here, we report 34 ancient genome sequences, including two from fragmented milk teeth found at the ~31.6 thousand-year-old (kya) Yana RHS site, the earliest and northernmost Pleistocene human remains found. These genomes reveal complex patterns of past population admixture and replacement events throughout northeastern Siberia, with evidence for at least three large-scale human migrations into the region. The first inhabitants, a previously unknown population of "Ancient North Siberians" (ANS), represented by Yana RHS, diverged ~38 kya from Western Eurasians, soon after the latter split from East Asians. Between 20 and 11 kya, the ANS population was largely replaced by peoples with ancestry from East Asia, giving rise to ancestral Native Americans and "Ancient Paleosiberians" (AP), represented by a 9.8 kya skeleton from Kolyma River. AP are closely related to the Siberian ancestors of Native Americans, and ancestral to contemporary communities such as Koryaks and Itelmen. Paleoclimatic modelling shows evidence for a refuge during the last glacial maximum (LGM) in southeastern Beringia, suggesting Beringia as a possible location for the admixture forming both ancestral Native Americans and AP. Between 11 and 4 kya, AP were in turn largely replaced by another group of peoples with ancestry from East Asia, the "Neosiberians" from which many contemporary Siberians derive. We detect additional gene flow events in both directions across the Bering Strait during this time, influencing the genetic composition of Inuit, as well as Na Dene-speaking Northern Native Americans, whose Siberian-related ancestry components is closely related to AP. Our analyses reveal that the population history of northeastern Siberia was highly dynamic, starting in the Late Pleistocene and continuing well into the Late Holocene. The pattern observed in northeastern Siberia, with earlier, once widespread populations being replaced by distinct peoples, seems to have taken place across northern Eurasia, as far west as Scandinavia.


--------------------
Пользователь offlineПрофайлОтправить личное сообщение
Вернуться к началу страницы
+Цитировать сообщение
asan-kaygy
post Nov 6 2018, 06:24
Создана #486


Цензор
*************

Группа: Пользователи
Сообщений: 5187
Зарегистрирован: 6-May 08
Пользователь №: 1414



Появилась генетическая компания для тестирования собак. Цены пока немного дороже тестирования людей.
https://embarkvet.com/
Как назвали это на форуме «Собачий 23эндМи :) Вплоть до функционала».


--------------------
Пользователь offlineПрофайлОтправить личное сообщение
Вернуться к началу страницы
+Цитировать сообщение
asan-kaygy
post Nov 6 2018, 07:21
Создана #487


Цензор
*************

Группа: Пользователи
Сообщений: 5187
Зарегистрирован: 6-May 08
Пользователь №: 1414



QUOTE
дДНК из Монголии, культурный комплекс оленных камней и херексуров, поздний бронзовый век, Хубсугульский аймаг:

http://www.pnas.org/content/early/2018/10/31/1813608115

Bronze Age population dynamics and the rise of dairy pastoralism on the eastern Eurasian steppe

Choongwon Jeong, Shevan Wilkin, Tsend Amgalantugs, Abigail S. Bouwman, William Timothy Treal Taylor, Richard W. Hagan, Sabri Bromage, Soninkhishig Tsolmon, Christian Trachsel, Jonas Grossmann, Judith Littleton, Cheryl A. Makarewicz, John Krigbaum, Marta Burri, Ashley Scott, Ganmaa Davaasambuu, Joshua Wright, Franziska Irmer, Erdene Myagmar, Nicole Boivin, Martine Robbeets, Frank J. Rühli, Johannes Krause, Bruno Frohlich, Jessica Hendy, and Christina Warinner

PNAS published ahead of print November 5, 2018

https://doi.org/10.1073/pnas.1813608115

Significance

Since the Bronze Age, pastoralism has been a dominant subsistence mode on the Western steppe, but the origins of this tradition on the Eastern steppe are poorly understood. Here we investigate a putative early pastoralist population in northern Mongolia and find that dairy production was established on the Eastern steppe by 1300 BCE. Milk proteins preserved in dental calculus indicate an early focus on Western domesticated ruminants rather than local species, but genetic ancestry analysis indicates minimal admixture with Western steppe herders, suggesting that dairy pastoralism was introduced through adoption by local hunter-gatherers rather than population replacement.

Abstract

Recent paleogenomic studies have shown that migrations of Western steppe herders (WSH) beginning in the Eneolithic (ca. 3300–2700 BCE) profoundly transformed the genes and cultures of Europe and central Asia. Compared with Europe, however, the eastern extent of this WSH expansion is not well defined. Here we present genomic and proteomic data from 22 directly dated Late Bronze Age burials putatively associated with early pastoralism in northern Mongolia (ca. 1380–975 BCE). Genome-wide analysis reveals that they are largely descended from a population represented by Early Bronze Age hunter-gatherers in the Baikal region, with only a limited contribution (∼7%) of WSH ancestry. At the same time, however, mass spectrometry analysis of dental calculus provides direct protein evidence of bovine, sheep, and goat milk consumption in seven of nine individuals. No individuals showed molecular evidence of lactase persistence, and only one individual exhibited evidence of >10% WSH ancestry, despite the presence of WSH populations in the nearby Altai-Sayan region for more than a millennium. Unlike the spread of Neolithic farming in Europe and the expansion of Bronze Age pastoralism on the Western steppe, our results indicate that ruminant dairy pastoralism was adopted on the Eastern steppe by local hunter-gatherers through a process of cultural transmission and minimal genetic exchange with outside groups.

Значимость
Начиная с бронзового века, скотоводство было доминирующим способом существования в Западной степи, но происхождение этой традиции в Восточной степи плохо изучено. Здесь мы исследуем предполагаемую раннюю скотоводческую популяцию в Северной Монголии и обнаруживаем, что молочное производство было установлено в Восточной степи к 1300 году до нашей эры. Молочные белки, сохранившиеся в зубном камне, указывают на раннее фокусирование на западных одомашненных жвачных животных, а не на местных видах, но генетический анализ указывает на минимальную примесь западных степных скотоводов, что указывает на то, что молочное скотоводство было введено путем принятия местными охотниками-собирателями, а не замены популяции.
Аннотация
Недавние палеогеномные исследования показали, что миграции западных степных скотоводов (WSH), начавшиеся в энеолите (около 3300-2700 гг. До н. Э.), глубоко трансформировали гены и культуры Европы и Центральной Азии. Однако, по сравнению с Европой, граница распространения WSH на восток не определена. Здесь мы представляем геномные и протеомные данные 22 захоронений позднего бронзового века, предположительно связанных с ранним скотоводством в Северной Монголии (ок. 1380-975 до н. э.). Геномный анализ показывает, что они в основном происходят от популяции, представленной охотниками-собирателями раннего бронзового века в Байкальском регионе, с ограниченным вкладом (≈7%) генов WSH(Западных степных скотоводов). В то же время, однако, масс-спектрометрический анализ зубного камня дает прямые белковые данные о потреблении бычьего, овечьего и козьего молока у семи из девяти человек. Ни у одного человека не было обнаружено молекулярных доказательств переносимости лактозы, и только один индивидуум показал более чем 10% вклад WSH, несмотря на присутствие популяций WSH в близлежащем Алтае-Саянском регионе в течение более чем тысячелетия. В отличие от распространения неолитического сельского хозяйства в Европе и распространения скотоводства бронзового века в западной степи, наши результаты показывают, что молочное скотоводство на основе жвачных животных было принято в Восточной степи местными охотниками-собирателями через процесс культурной передачи и минимальный генетический обмен с внешними группами.


Table S4. Uniparental haplogroups of the Khövsgöl individuals.
We determined mitochondrial haplogroups for 19 of 20 individuals, and Y haplogroups for all 12 males.

ID Sex MT-haplogroup Y-haplogroup 1
ARS001 M D4  Q1a2a1c (Q-L334;Q-L330)
ARS002 F D4j5  -
ARS003 M U5a2d1  N1c1a (N-M178)
ARS004 M F2a  Q1a2 (Q-L942;Q-M346)
ARS005 M D4e1  Q1a2a1 (Q-L54)
ARS006 F C4a1a+195 -
ARS007 M A+152+16362 Q1a2a (Q-L475;Q-L53)
ARS008 M C4a2c  Q1a2a1c (Q-L330)
ARS009 F D5a2a  -
ARS011 M n/d  Q1a2 (Q-L56;Q-M346)
ARS012 F C4a2a1  -
ARS013 F C  -
ARS014 F C4a2c1  -
ARS015 M G3a  Q1a1 (Q-Y706;Q-F1096)
ARS016 M A+152+16362+16189 Q1a2a1c (Q-L334;Q-L330)
ARS017 F G2a  -
ARS018 M B5b1  Q1a (Q-M1117;Q-L472)
ARS024 F C4a1a1  -
ARS025 M D4b1a2a  Q1a2a (Q-L475;Q-L53)
ARS026 M C4a1a+195 R1a1a1b2a2a (R-Z2123)

Notes: 1 Due to incomplete coverage of informative Y chromosome SNPs, Y haplogroup assignment has not gone down to the tip for some individuals.
The assigned haplogroup is the most downstream one supported by the presence of derived alleles.


--------------------
Пользователь offlineПрофайлОтправить личное сообщение
Вернуться к началу страницы
+Цитировать сообщение
asan-kaygy
post Nov 6 2018, 09:17
Создана #488


Цензор
*************

Группа: Пользователи
Сообщений: 5187
Зарегистрирован: 6-May 08
Пользователь №: 1414



Перепост:
QUOTE
Whole-genome sequencing of 175 Mongolians uncovers population-specific genetic architecture and gene flow throughout North and East Asia

Haihua Bai, Xiaosen Guo, Narisu Narisu, Tianming Lan, Qizhu Wu, Yanping Xing, Yong Zhang, Stephen R. Bond, Zhili Pei, Yanru Zhang, Dandan Zhang, Jirimutu Jirimutu, Dong Zhang, Xukui Yang, Morigenbatu Morigenbatu, Li Zhang, Bingyi Ding, Baozhu Guan, Junwei Cao, Haorong Lu, Yiyi Liu, Wangsheng Li, Ningxin Dang, Mingyang Jiang, Shenyuan Wang, Huixin Xu, Dingzhu Wang, Chunxia Liu, Xin Luo, Ying Gao, Xueqiong Li, Zongze Wu, Liqing Yang, Fanhua Meng, Xiaolian Ning, Hashenqimuge Hashenqimuge, Kaifeng Wu, Bo Wang, Suyalatu Suyalatu, Yingchun Liu, Chen Ye, Huiguang Wu, Kalle Leppälä, Lu Li, Lin Fang, Yujie Chen, Wenhao Xu, Tao Li, Xin Liu, Xun Xu, Christopher R. Gignoux, Huanming Yang, Lawrence C. Brody, Jun Wang, Karsten Kristiansen, Burenbatu Burenbatu,
Huanmin Zhou, Ye Yin

Abstract

The genetic variation in Northern Asian populations is currently undersampled. To address this, we generated a new genetic variation reference panel by whole-genome sequencing of 175 ethnic Mongolians, representing six tribes. The cataloged variation in the panel shows strong population stratification among these tribes, which correlates with the diverse demographic histories in the region. Incorporating our results with the 1000 Genomes Project panel identifies derived alleles shared between Finns and Mongolians/Siberians, suggesting that substantial gene flow between northern Eurasian populations has occurred in the past. Furthermore, we highlight that North, East, and Southeast Asian populations are more aligned with each other than these groups are with South Asian and Oceanian populations.

http://www.nature.com/articles/s41588-018-0250-5

В работе есть и сведения о гаплогруппах игрек-хромосомы.


--------------------
Пользователь offlineПрофайлОтправить личное сообщение
Вернуться к началу страницы
+Цитировать сообщение
asan-kaygy
post Nov 6 2018, 09:17
Создана #489


Цензор
*************

Группа: Пользователи
Сообщений: 5187
Зарегистрирован: 6-May 08
Пользователь №: 1414



A "Data accessibility" section is included at the end of Online Methods as "Raw sequencing data and variant sets have been deposited to the CNGB Nucleotide
Sequence Archive of China National Genebank (CNGB) with accession number CNP0000063. The data will be available to download fro anyone with an approval
from the study committee.
https://db.cngb.org/search/project/CNP0000063/
ftp://ftp.cngb.org/pub/CNSA/CNP0000063


--------------------
Пользователь offlineПрофайлОтправить личное сообщение
Вернуться к началу страницы
+Цитировать сообщение
asan-kaygy
post Nov 7 2018, 09:00
Создана #490


Цензор
*************

Группа: Пользователи
Сообщений: 5187
Зарегистрирован: 6-May 08
Пользователь №: 1414



Наименьшая межгрупповая изменчивость
(3.6 %) была выявлена именно
при пятой («современной») группировке
(см. таблицу). Это ука зывает
на то, что между современными казахскими
популяциями различных государств
нет существенных различий
при допущении, что большая часть
со временных популяций является потомками
населения тех же уездов.
Максимальное значение межгрупповой
изменчивости (12.3 %) получено
при объединении популяций,
согласно социально-территориальному
подразделению времен казахского
ханства (жузы), существовавшему
не менее 550 лет тому назад. Такой
ре зультат свидетельствует о том, что
окончательное структурирование казахского
генофонда произошло во
вре мя казахского ханства.
Результаты группировки популяций
по более ранним географическим
подразделениям указывают на значимое
наследие Монгольской империи
(«улусы», 10.7 %) и позволяют предположить,
что уже в эпоху Монгольской
империи (Золотая Орда) начинает
формироваться пространственная
структура современного генофонда
казахов.
Полученные результаты склоняют
чашу весов в пользу гипотезы
Т.И. Султанова, указывающей, что
жузы возникли после распада Золотой
Орды (Кляшторный, Султанов, 1992;
Сабитов, 2014), нежели в сторону альтернативной
гипотезы (Аманжолов,
1959), постулирующей, что казахи подразделились
на жузы еще в X–XII веках,
до объединения Чингисханом
тюрков и монголов в одну империю
Жабагин М.К., Балановский О.П., Сабитов Ж.М., Темиргалиев А.З., Агджоян А.Т., Кошель С.М., Раманкулов Е.М., Балановская Е.В. Реконструкция структуры генофонда казахов по данным об их родорасселении. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(7):895-904.
https://www.academia.edu/37716863/%D0%96%D0...18_22_7_895-904


--------------------
Пользователь offlineПрофайлОтправить личное сообщение
Вернуться к началу страницы
+Цитировать сообщение
asan-kaygy
post Nov 8 2018, 19:07
Создана #491


Цензор
*************

Группа: Пользователи
Сообщений: 5187
Зарегистрирован: 6-May 08
Пользователь №: 1414



Жабагин М.К., Балановский О.П., Сабитов Ж.М., Темиргалиев А.З., Агджоян А.Т., Кошель С.М., Раманкулов Е.М., Балановская Е.В. Реконструкция структуры генофонда казахов по данным об их родорасселении. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(7) Приложение https://www.academia.edu/37725268/%D0%96%D0...%BD%D0%B8%D0%B5


--------------------
Пользователь offlineПрофайлОтправить личное сообщение
Вернуться к началу страницы
+Цитировать сообщение

ОтветитьОпции темыСоздать новую тему
2 человек читают эту тему (2 гостей и 0 скрытых пользователей)
0 пользователей:
 

Упрощенная Версия Сейчас: 17th November 2018 - 00:01

Ссылки: