Фридрих заболел серьёзной болезнью брюшной полости, возможно, из-за запущенных заболеваний, во время пребывания во
Фьорентино-ди-Пулья ; однако, по словам
Гвидо Бонатти , он был
отравлен . На самом деле, незадолго до этого он раскрыл заговор, в котором был замешан сам придворный врач. Его состояние сразу же стало настолько серьёзным, что было решено не везти его в лучше оборудованный
Палатиум в
Лучере , и двор был вынужден укрыться в
доме Фиорентино , укреплённой деревне в сельской местности современного
Торремаджоре , недалеко от императорской резиденции Фоджи. Он умер 13 декабря 1250 года.
Согласно легенде, придворный астролог
Микеле Ското предсказал, что Фридрих умрет
sub flore , поэтому он, по-видимому, всегда избегал поездок во Флоренцию. Когда ему сообщили название деревни, куда его доставили на лечение, — Кастель-Фиорентино, — Фридрих понял и смирился с приближением своей смерти.
Согласно записи английского хрониста
Мэтью Пэриса († 1259) – однако не подтвержденной другими источниками – император, чувствуя себя на пороге смерти, хотел надеть цистерцианское
облачение и таким образом продиктовать свои последние пожелания в те несколько часов, что были в ясном уме. Завещание, продиктованное в присутствии высших представителей Империи, датируется, по некоторым источникам, 7 декабря 1250 года.
[ 81 ] [ 82 ] [ 83 ] Однако, согласно недавним исследованиям,
[ 84 ] существовало как минимум два завещания. Его смерть была быстрой и удивила современников, настолько, что некоторые антиимператорские хронисты породили исторически необоснованный слух о том, что император был убит Манфредом, своим внебрачным сыном, который фактически унаследовал его престол на Сицилии. На известной миниатюре даже изображен
принц , душащий умирающего отца подушкой.