Я так полагаю, что глагол "знать" в вопросах трансценденции не может быть применён в том же самом значении, как к более приземлённой материи. Видимо, в первом случае речь идёт о вещах, принципиально непознаваемых обычным рациональным путём. Поэтому мне сдаётся, что точнее было бы говорить не о том, что атеист знает об отсутствии Бога, а о том, что он верит в его отсутствие. Возможно, такая вера не является аналогичной вере религиозной, но только с другим знаком; скорее речь идёт о каком-то внутреннем убеждении, хотя бы и сложившемся под воздействием в том числе и рационалистических соображений, но не могущем быть строго доказанным (или опровергнутым) приёмами формальной логики и/или подтверждённым или опровергнутым экспериментальным путём.
Например, европейцы до Колумба (ну, или до Лейфа Эрикссона) не знали о существовании Америки. Как вернее будет сказать: что они знали о её отсутствии или были убеждены в этом? (ведь Колумб, как известно, намеревался западным путём достичь Азии, стало быть, существования каких-то иных земель на западе не допускал). Чем было отношение Колумба к тезису "несуществования Америки" - знанием или убеждением?