Были проведены генетические экспертизы: в 1993 году — в Олдермастонском центре криминалистических исследований в Англии, в 1995 году — в Военно-медицинском институте Минобороны США, в ноябре 1997 года — в Республиканском центре судебно-медицинской экспертизы Минздрава России. 30 января 1998 года комиссия завершила работу. Вывод комиссии: «Останки, обнаруженные в Екатеринбурге, являются останками Николая II, членов его семьи и приближенных людей»
В 2007 году в Екатеринбурге обнаружены останки Цесаревича Алексея Николаевича и Великой княжны Марии Николаевны. Учитывая, что наука генетика к этому времени качественно изменилась, было принято решение об исследовании не только останков Алексея Николаевича и Марии Николаевны, но и девяти человек, обнаруженных в 1991 году. Исследование проводили группы генетиков начальника Идентификационной лаборатории ДНК вооружённых сил США доктора Майкла Коббла, лауреата Государственной премии Российской Федерации Е.И. Рогаева и генетиков Судебно-медицинского бюро Свердловской области под руководством Т.Н. Цитович.
На этот раз применялись новейшие методы исследования и вероятность принадлежности останков царской семье составила не 99,99%, а 99 с 27 девятками после запятой.
В 2008—2009 годах были проведены исследования обнаруженных в 2007 году останков, предварительно идентифицированных по косвенным признакам как останки царевича Алексея и великой княжны Марии. Исследования проводились в Лаборатории эволюционной геномики Института общей генетики РАН, Лаборатории по идентификации ДНК Вооружённых сил США (AFDIL) и лаборатории Инсбрукского (Австрия) медицинского института (GMI)
Японский генетик Тацуо Нагаи заявил о том, что он исследовал биологические препараты Николая II его брата Георгия Александровича и результаты не совпали с данными следствия. Остается задать неудачливому генетику два вопроса. Во-первых, откуда у него взялись биологические образцы императора и его брата, во-вторых, как могло получиться, что с ДНК, якобы выделенном из Георгия Александровича, люди просто не могут существовать на белом свете. Не бывает у людей такого генотипа! А, в третьих, если образцы настоящие, почему их не вернули в Россию? Также должен опровергнуть легенду о том, что Тацуо Нагаи исследовал кровь на полотенце, которым перевязывали голову Цесаревича в 1891 году. Не исследовал!