11 сентября 1905 года (38-й год Мэйдзи), вскоре после окончания Русско-японской войны, «Микаса» затонула в гавани
Сасебо из-за взрыва в кормовом погребе боеприпасов . [ 18 ] В результате аварии погибло 339 человек, что значительно превышает число погибших в Цусимском сражении, составившее 117 человек. Некоторые теории предполагают, что взрыв произошёл, когда зажжённый чайник случайно опрокинулся во время
шутки, популярной среди моряков того времени: «зажечь бутылку сигнального спирта , задуть её и выпить» (практика, которую моряки называли «пика»). [
48 ] Другие предполагают, что взрыв был вызван порчей
пороха Симосэ . Того во время аварии находился на берегу и был в безопасности. Сетогучи Токити , служивший в военном оркестре флота , также находился на берегу в тот момент и избежал катастрофы, однако многие
военные музыканты погибли . Считается, что этот взрыв и затопление судна стали одной из причин, побудивших
Акияму Санэюки углубиться в изучение религии.
На церемонии триумфального возвращения флота 23 октября «Микаса» была заменена своим сестринским кораблём «Сикисима»
в качестве флагмана. Императорским кораблём
императора Мэйдзи был
броненосный крейсер « Асама» .
[ 49 ] «Микаса» была переведена в
резерв . 12 декабря, с пересмотром
таблицы классификации кораблей, [ 50 ] классификация линкоров была отменена, и корабль был переклассифицирован в «
линкор » .
[ 51 ] 14 августа
1906 года (39-й год Мэйдзи) он был снят с мели и отремонтирован в
арсенале Сасебо .
[ 16 ] Ремонт был завершён 24 апреля
1908 года (41-й год Мэйдзи). [ 18 ] Он вернулся на действительную службу в качестве флагмана Первого флота.