Лидер Исламской революции аятолла Рухолла Мусави Хомейни скончался 3 июня 1989 года. На следующий день собрался
Совет экспертов и после 20-часового заседания 60 голосами из 74 присутствующих членов Совета Али Хаменеи был избран Высшим руководителем (Рахбаром) Ирана
[14]. Его кандидатуру выдвинул
Садек Хальхали, известный как «судья-вешатель»
[27]. Изначально аятолла
Али Мешкини[англ.], аятолла
А.-К. Мусави Ардебили и аятолла
М. Реза Гольпайгани[англ.] предложили Совету экспертов сменить единоличный пост Высшего руководителя на Высший Совет, проголосовав сразу за троих. После того, как Совет экспертов отказал им, аятолла Гольпайгани выставил свою кандидатуру самостоятельно, но проиграл Али Хаменеи.
Принцип главенства исламского шиитского духовенства в государственном управлении, который лежит в основе иранского государственного устройства, называется
Велаят-е Факих (
перс. ولایت فقیه, дословно — «опека законоведа»). В данных условиях ни одно решение не вступает в силу, не будучи одобренным Высшим руководителем (
Вали-е Факих). Даже демократически избранный кандидат на тот или иной пост требует утверждения Высшим руководителем.
Хаменеи значительно расширил влияние Высшего руководителя, передав ему (то есть себе) некоторые президентские полномочия, связанные с контролем работы меджлиса, президентской администрации, совета министров, судебной системы, Корпуса Стражей Исламской революции, средств массовой информации, вооружённых сил, разведки, полиции, а также различных негосударственных организаций, фондов, советов и бизнес-сообществ.