18 марта 2004 года в Московском городском суде присяжные вынесли обвинительный вердикт. Михаил Коданёв был признан заказчиком убийства, Александр Винник — организатором, Александр Кулачинский — непосредственным исполнителем, Игорь Киселёв — посредником между организатором преступления и исполнителем. 30 марта 2004 года в Мосгорсуде был зачитан приговор. Суд установил, что в феврале 2003 года Коданёв, желая возглавить партию «Либеральная Россия» и завладеть её финансовыми средствами, дал указание своему подчинённому Виннику организовать убийство Юшенкова. В свою очередь Винник договорился с Киселёвым об организации убийства. Киселёв в марте 2003 года приобрёл пистолет, а в апреле нанял Кулачинского, который и совершил убийство депутата. Коданёв и Кулачинский были приговорены к 20 годам лишения свободы, Винник — к 10 годам, Киселёв — к 11 годам. Все осуждённые, кроме Коданёва, который так и не признал свою вину, попросили прощения у семьи убитого.
Вдова Сергея Юшенкова Валентина заявила, что вынесенным приговором довольна. Виктор Похмелкин также сказал, что 20 лет — это справедливое наказание за совершенное убийство.[12]
Адвокат Коданева, Генри Резник, заявил, что ему непонятно, почему Коданев дал приказание убить Юшенкова в апреле, хотя таким образом он мог сорвать регистрацию партии. По мнению Резника, Коданев невиновен и был «оговорён» Александром Винником. Адвокат, представлявший интересы семьи Юшенкова, Юрий Шмидт заявил, что «вина Коданева не вызвала никаких сомнений уже после допроса Винника», и отметил, что Резник поэтому находился «в достаточно сложном положении».[14]
23 июня 2004 года Верховный суд РФ отклонил кассационную жалобу Михаила Коданёва и оставил в силе приговор Мосгорсуда.