Московское царство создано в 1546 г. Царский титул Иван Грозный принял как потомок последней династии византийских императоров ("царей"). Титулы царя казанского и астраханского он принял jus belli (золотоордынских, а затем казанских и астраханских ханов на Руси называли "царями"). При чем здесь Рюриковичи?
Прочитал все Ваше сообщение. Хочу вернуться к тому, что в 1612 г. в Москве был потомок Палеологов - это кн. Федор Иванович Мстиславский, происходивший от дочери Ивана III и Зои-Софьи. Конечно, он был сильно скомпрометирован сотрудничеством с поляками и возглавлением Семибоярщины, а потому - фактически выслан из Москвы, но, возможно, сторонники Романовых именно потому и боялись его, что он по прямой линии происходил от Ивана III - последнего великого государя Московской Руси. А сотрудничеством либо с поляками, либо с самозванцами были скомпрометированы многие, и сам Михаил с матерью жил в осажденной Москве с поляками.
Это в отношении московского престола. При этом царский титул вполне мог быть приложением (или формой) правления в Московии.
Аналогичный пример могу привести только один, и откровенно слабый - но могу: принятие князьями Лиштенштейна суверенного княжеского титула и передача его в другую ветвь рода в XVIII в.
Царства Казанское и Астраханское были, как Вы правильно указали, военными присоединениями, поэтому московский государь автоматически был их правителем.
Вы считаете собор 1613 года переворотом?
Да, это своеобразный переворот - но вынужденный.