Борьба бранденбургских курфюрстов за наследие Альбрехта Бранденбургского заставляла их наделять сословия различными льготами. Города в герцогстве политически были очень слабыми, и большинство этих льгот доставалось дворянству. Так, к концу правления Альбрехта канцлер, большинство советников Верховного суда должны были быть представителями прусского дворянского сословия. Сословия получили право обращаться к королю Польши за защитой их прав и свобод при конфликте с герцогом. Согласие сословий (и короля, конечно, тоже) было необходимым условием для заключения герцогом каких-то союзов или оказания помощи. В 1609 г. сословия получили право решающего слова во всех вопросах, затрагивающих интересы герцогства; герцогские указы, нарушающие права сословий, автоматически признавались недействительными. Осмотры государственных поместий можно было проводить только с разрешения сословий, так как в ином случае мог быть ослаблен авторитет дворянства.
Таким образом, дворянство стало обращаться с государственными поместьями как со своей частной собственностью, да еще за ними оказались закреплены и государственные посты .— власть герцога во многом была иллюзорной. Интересно, что прусское дворянство было тесно связано с польской шляхтой как родственными, так и хозяйственными отношениями. Пример Польши был заразителен, и прусское дворянство пыталось добиться (и не без успеха) тех же льгот и свобод, как у соседей.
Все это позволяет утверждать, что Пруссия была на пути к дворянской республике. Поэтому те признаки абсолютизма, которые начали проявляться в период приобретения независимости от польской короны, вызвали в герцогстве острое неприятие. Все это усугублялось тем, что дворянство, да и другие сословия тоже, имели давние традиции противодействия герцогской, а еще раньше — орденской власти (истоки ее начинаются с «Прусского союза» XV в.).
В самом начале своего курфюршеского правления Фридрих Вильгельм, конечно, не мог ограничить права дворянства, не было на это ни сил, ни средств. Более того, в Пруссии дворяне стали настолько самостоятельными, что получили право сами определять величину налогов, которые они могут платить в казну. В таких условиях строить независимое объединенное государство было просто невозможно, надо было «обуздать» сословную оппозицию. В противном случае, не на что будет содержать армию, а армия являлась важным элементом экспансионистской политики курфюрста.
Первого успеха в конфликте с сословиями Фридрих Вильгельм добился у себя, в Бранденбурге. В 1652 г. для государственных преобразований, в частности создания боеспособной армии, он запросил у ландтага 530 000 талеров. Ландтаг не согласился, но курфюрст был настойчив и еще семь раз собирал его заседания, пока не было принято положительное решение. После этого ландтаг, заодно принесший и клятву курфюрсту, больше не собирался.
Этими и рядом других мер, например введением акцизов, курфюрст в Бранденбурге устранил дворянство из политической жизни, но в то же время дал им полную экономическую свободу в поместьях во владении крестьянами. После этого настала очередь Пруссии.
Основные события развернулись в Кенигсберге. В этом городе курфюрсту противостояли городское сословие и, особенно упорно, антиабсолютистские элементы дворянства.
После получения независимости Пруссии курфюрст потребовал от сословий присяги на верность ему. Это не было из ряда вон выходящим явлением — сословия присягали и раньше, только польской короне. Но здесь разразился тяжелый кризис, сотрясавший устои государства на протяжении доброго десятка лет, хотя кульминацией его считаются 1661— 1663 гг.
Речь идет об открытом неповиновении кенигсбержцев новому правителю герцогства. Немецкие историки, особенно Ф. Гаузе, отмечают особое упорство кенигсбергского бюргерства и городского дворянства в противостоянии курфюрсту. Сословия прекрасно понимали, что с объединением двух частей государства в единое целое подчинение герцогства законам всего Бранденбургско-Прусского государства значительно ограничит их права. Собственно говоря, пример бранденбургского ландтага наиболее красноречиво говорил об этом.
Оба сословия Кенигсберга выдвинули своих предводителей. От бюргерства им стал Иероним Рот. Долгое время он являлся представителем партии общин в ратуше и пользовался авторитетом. Рот не признавал Оливский мир, закрепивший права курфюрста на владение Пруссией, и обратился за помощью к Польше. Складывающаяся ситуация очень напоминала время «Прусского союза», когда горожане выступали против ордена, опираясь на поддержку польской короны. Польский король и в этот раз хотел поддержать оппозицию, но его руки были связаны обязательствами по Велауско-Быдгощскому договору и Оливскому миру. Хотя обещания кенигсбержцам он давал.
Самого курфюрста в Кенигсберге не было, он доверил разрешение кризиса своим представителям — Богуславу Радзивиллу и Отто Шверину. Но и они не могли многого сделать, так как необходимо было изолировать Рота, но тот скрывался в Кнайпхофе, выезжал в Варшаву. Все решилось, когда курфюрст с войсками в октябре 1662 г. сам появился в Кенигсберге. До открытого выступления не дошло, Рот был арестован, вначале состоялось судебное разбирательство, но затем курфюрст счел необходимым судебную сторону проблемы закрыть, а Рот до самой смерти в 1678 г. оставался под стражей.
17—18 октября 1663 г. сословия принесли присягу курфюрсту в обмен на сохранение за городом его привилегий. Казалось, что курфюрст может быть удовлетворен достигнутым. По мнению все того же Гаузе, Пруссия избрала не польский путь к дворянской республике, который вел к распаду государства, а совместно с Бранденбургом двинулась к абсолютизму и тем самым к укреплению государства.
Однако сопротивление оппозиции не было сломлено окончательно, несмотря на принесение сословиями присяги. С властью курфюрста не смирилась часть дворянства, которую возглавил полковник Кристиан Людвиг Калькштайн. В 1669 г. он прибыл в Варшаву, чтобы уговорить польского короля выступить в поддержку прусских сословий. Во время переговоров Калькштайна просто-напросто выкрали и тайно вывезли в Пруссию. В ноябре 1672 г. в Мемеле он был казнен.