7 ноября 1944 года восстание началось в самом городе Кульджа. По некоторым данным сигнал к восстанию был дан пулемётной очередью из советского консульства. Гарнизон Кульджи состоял из двух батальонов 19 полка и одного батальона 21 полка, кроме того в городе квартировалось значительное количество резервных войск, слабовооружённых и плохо подготовленных. В соседних городках также были расквартированы войска, всего на момент восстания в Илийской долине находилось до 10 тысяч солдат Гоминьдана, из них 8 тысяч в самой Кульдже.
Восставшим удалось окружить и блокировать армейские части Гоминьдана в трех различных точках города, и несмотря на то, что город ещё не был до конца очищен от противника, 12 ноября 1944 года повстанцы провозгласили создание Восточно-Туркестанской республики.
Во главе правительства Восточно-Туркестанской республики был поставлен высший иерарх мусульман Илийского округа
Алихан-тюре. В состав правительства вошли уйгуры
Ахметжан Касымов, Хакимбек-ходжа и Рахимжан Сабирходжаев, татары Анвар Мусабаев и Набиев, казахи Урахан и Абдулхаир, русские
Иван Георгиевич Полинов и
Фотий Иванович Лескин и калмык Фуча. Фактическим руководителем восстания являлся уйгур Ахметжан Касымов. Сразу же после образования республики правительство обнародовало демократическую программу равноправия народов, населяющих Синьцзян, развития экономики и культуры, поддержки ислама и других религий, установления дружественных отношений со всеми государствами. Отдельным пунктом в программе стояло создание регулярной армии из представителей всех народов Синьцзяна.
За ноябрь, декабрь и январь повстанцы окончательно очистили окрестности Кульджи от гоминьдановцев. На Тяньшане восставших поддержали торгоуты. К марту 1945 года весь Илийский округ был очищен от гоминьдановских войск. Гоминьдановское командование приступило к созданию линии обороны в населённых пунктах по Великому Шёлковому пути. К лету была возведена эшелонированная оборона в
Цзинхэ,
Шихэ и
Манасе.