ДНК-генеалогия

Alamak

Цензор
Alamak сказал(а):
Существуют ли хорошие карты распространения МИТОХОНДРИАЛЬНЫХ гаплогрупп и их субклад среди коренных народов Америк?
Ведь мт-ДНК у индейцев восновном своё
На википедии вроде есть
Там только по гаплогруппам, а по субкладам не находится
 

Alamak

Цензор
Еще не читал. Собираюсь.
Коротаев А.В. Халтурина Д.А. МИФЫ И ГЕНЫ (MYTHS AND GENES)

Консультант по вопросам генетики, соавтор введения канд. биол. наук С. А. Боринская
https://www.academia.edu/21174519/%D0%9C%D0...YTHS_AND_GENES_
Очень интересная работа о распространении и происхождении дуалистических мифов уральских и прочих народов Евразии и Америки

По "генетической части" единственным недочетом книги является то, что авторы придерживаются устаревшей версии о появлении одного из субкладов гаплогруппы С в Северной Америке и последующей его возвратной миграции в Азию
 

Бенни

Консул
А по-моему, там и еще кое-что устарело (как данные о скрещивании сапиенсов с неандертальцами - ссылка на работу 2006 г.) или сомнительно (как датировка "бутылочного горлышка"). Это, правда, для авторов несущественно, но вот датировка одомашнивания собак влияет на их выводы, а ее сейчас удревняют. Я, конечно, не будучи специалистом, сужу по статьям с Элементов, Антропогенеза и тому подобным.
 

Alamak

Цензор
В свое время наскоро читал бумажный вариант
А в электронном виде эту работу можно скачать не с академии?
 

asan-kaygy

Цензор
Y chromosome haplotype diversity in Mongolic-speaking populations and gene conversion at the duplicated STR DYS385a,b in haplogroup C3-M407

Boris A Malyarchuk, Miroslava Derenko, Galina Denisova, Marcin Woźniak, Urszula Rogalla, Irina Dambueva and Tomasz Grzybowski

Abstract

Y chromosome microsatellite (Y-STR) diversity has been studied in different Mongolic-speaking populations from South Siberia, Mongolia, North-East China and East Europe. The results obtained indicate that the Mongolic-speaking populations clustered into two groups, with one group including populations from eastern part of South Siberia and Central Asia (the Buryats, Barghuts and Khamnigans) and the other group including populations from western part of Central Asia and East Europe (the Mongols and Kalmyks). High frequency of haplogroup C3-M407 (>50%) is present in the Buryats, Barghuts and Khamnigans, whereas in the Mongols and Kalmyks its frequency is much lower. In addition, two allelic combinations in DYS385a,b loci of C3-M407 haplotypes have been observed: the combination 11,18 (as well as 11,17 and 11,19) is frequent in different Mongolic-speaking populations, but the 11,11 branch is present mainly in the Kalmyks and Mongols. Results of locus-specific sequencing suggest that the action of gene conversion is a more likely explanation for origin of homoallelic 11,11 combination. Moreover, analysis of median networks of Y-STR haplotypes demonstrates that at least two gene conversion events can be revealed—one of them has probably occurred among the Mongols, and the other event occurred in the Barghuts. These two events give an average gene conversion rate range of 0.24–7.1 × 10–3 per generation.

http://www.nature.com/jhg/journal/vaop/ncu...jhg201614a.html
 

asan-kaygy

Цензор
Сабитов Ж.М. Палеогенетические исследования полиморфизма Y-хромосомы представителей Андроновской археологической культуры//Материалы международной научно-методической конференции «VIII Оразбаевские чтения» по теме «Археология, Этнология и музеология в системе современного высшего образования», приуроченной к 25-летию независимости Республики Казахстан 1-2 апреля 2016 года. Алматы. 2016. С. 451-454.
https://www.academia.edu/24091025/%D0%A1%D0...%D0%A1._451-454
 

asan-kaygy

Цензор
ЭТНОГЕНЕЗ БУРЯТ В РАКУРСЕ НОВЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ (ПРЕДВАРИТЕЛЬНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ)
Б. В. Базаров, И. К. Дамбуева, Б. З. Нанзатов

Из племенных объединений бурят в исследование были вовлечены представители таких крупных племен, как булагаты/булгад, эхириты/эхирид, хори, хонгодор/хонгоодор. Из состава булагатов были вовлечены представители малых племен, таких как ашибагат/ашаабагад, готол, бубай, харанут/харнууд, из состава эхиритов – шоно, хэнгэлдэр/hэнгэлдэр, хойбо/hойбо, из состава хори – хубдут/хубдууд, галзут/галзууд, бодонгут/бодонгууд, саган/сагаан. Кроме того, были привлечены представители таких племен, как шаранут/шарнууд, тэртэ, зунгар, хурумши, замот/замууд, цонгол. Так как исследование касалось как Y-ДНК так и Mт-ДНК, учитывались происхождение как по отцовской, так и по материнской линии.
http://vestnik.bscnet.ru/wp-content/upload...tnik_-3_19_.pdf
 

asan-kaygy

Цензор
Одним из важных направлений исследований работников музея стала история открытия и изучения «Золотого человека». После обнаружения костных останков погребенного в кургане «Иссык» их образцы были направлены для палеогенетических исследований в Данию. Возможно, уже скоро будут получены результаты этих исследований, и тайны пола и этнической принадлежности «Золотого человека» будут раскрыты.
http://www.voxpopuli.kz/history/udivitelny...veka-12980.html
 

asan-kaygy

Цензор
http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncur...ll/ng.3559.html

Punctuated bursts in human male demography inferred from 1,244 worldwide Y-chromosome sequences

G David Poznik, Yali Xue, Fernando L Mendez, Thomas F Willems, Andrea Massaia, Melissa A Wilson Sayres, Qasim Ayub, Shane A McCarthy, Apurva Narechania, Seva Kashin, Yuan Chen, Ruby Banerjee, Juan L Rodriguez-Flores, Maria Cerezo, Haojing Shao, Melissa Gymrek, Ankit Malhotra, Sandra Louzada, Rob Desalle, Graham R S Ritchie, Eliza Cerveira, Tomas W Fitzgerald, Erik Garrison, Anthony Marcketta, David Mittelman, Mallory Romanovitch, Chengsheng Zhang, Xiangqun Zheng-Bradley, Gonçalo R Abecasis, Steven A McCarroll, Paul Flicek, Peter A Underhill, Lachlan Coin, Daniel R Zerbino, Fengtang Yang, Charles Lee, Laura Clarke, Adam Auton, Yaniv Erlich, Robert E Handsaker, The 1000 Genomes Project Consortium, Carlos D Bustamante & Chris Tyler-Smith

Abstract

We report the sequences of 1,244 human Y chromosomes randomly ascertained from 26 worldwide populations by the 1000 Genomes Project. We discovered more than 65,000 variants, including single-nucleotide variants, multiple-nucleotide variants, insertions and deletions, short tandem repeats, and copy number variants. Of these, copy number variants contribute the greatest predicted functional impact. We constructed a calibrated phylogenetic tree on the basis of binary single-nucleotide variants and projected the more complex variants onto it, estimating the number of mutations for each class. Our phylogeny shows bursts of extreme expansion in male numbers that have occurred independently among each of the five continental superpopulations examined, at times of known migrations and technological innovations.
 

asan-kaygy

Цензор
Еще одна публикация с древним ДНК из Европы "Ледникового периода"
The genetic history of Ice Age Europe

Qiaomei Fu, Cosimo Posth, Mateja Hajdinjak, Martin Petr, Swapan Mallick, Daniel Fernandes, Anja Furtwängler, Wolfgang Haak, Matthias Meyer, Alissa Mittnik, Birgit Nickel, Alexander Peltzer, Nadin Rohland, Viviane Slon, Sahra Talamo, Iosif Lazaridis, Mark Lipson, Iain Mathieson, Stephan Schiffels, Pontus Skoglund, Anatoly P. Derevianko, Nikolai Drozdov, Vyacheslav Slavinsky, Alexander Tsybankov, Renata Grifoni Cremonesi et al.

http://www.nature.com/nature/journal/vaop/...ature17993.html

Abstract

Modern humans arrived in Europe ~45,000 years ago, but little is known about their genetic composition before the start of farming ~8,500 years ago. Here we analyse genome-wide data from 51 Eurasians from ~45,000–7,000 years ago. Over this time, the proportion of Neanderthal DNA decreased from 3–6% to around 2%, consistent with natural selection against Neanderthal variants in modern humans. Whereas there is no evidence of the earliest modern humans in Europe contributing to the genetic composition of present-day Europeans, all individuals between ~37,000 and ~14,000 years ago descended from a single founder population which forms part of the ancestry of present-day Europeans. An ~35,000-year-old individual from northwest Europe represents an early branch of this founder population which was then displaced across a broad region, before reappearing in southwest Europe at the height of the last Ice Age ~19,000 years ago. During the major warming period after ~14,000 years ago, a genetic component related to present-day Near Easterners became widespread in Europe. These results document how population turnover and migration have been recurring themes of European prehistory.
 

asan-kaygy

Цензор
ПалеоДНК Юечжи (Пазырыкская археологическая культура).
Нашли гаплогруппу N1b.
A PALEOGENETIC STUDY OF PAZYRYK PEOPLE BURIED AT AK-ALAKHA-1, THE ALTAI MOUNTAINS

А.С. Пилипенко, Р.О. Трапезов, Н.В. Полосьмак.

В статье представлены результаты молекулярно-генетического исследования останков двух носителей пазырыкской культуры, погребенных в кург. 1 могильника Ак-Алаха-1 (плато Укок, Горный Алтай, Россия), с использованием четырех систем генетических маркеров – митохондриальной ДНК, полиморфного фрагмента гена амелогенина, STR-локусов аутосом и Y-хромосомы. Установлен мужской пол обоих индивидов. Выявлены идентичные варианты митохондриальной ДНК и Y-хромосомы, что свидетельствует в пользу родства погребенных. Однако интегральное рассмотрение полученных генетических данных позволяет исключить прямое родство (отец – сын). Приведена филогенетическая и филогеографическая интерпретация данных по митохондриальной ДНК и Y-хромосоме. Исследование демонстрирует современные возможности палеогенетических методов и назревшую необходимость их широкого применения для объективизации археологических реконструкций.

https://www.researchgate.net/publication/30...AINS_in_russian
 

Cahes

Принцепс сената
ПалеоДНК Юечжи (Пазырыкская археологическая культура).
Нашли гаплогруппу N1b.
A PALEOGENETIC STUDY OF PAZYRYK PEOPLE BURIED AT AK-ALAKHA-1, THE ALTAI MOUNTAINS

А.С. Пилипенко, Р.О. Трапезов, Н.В. Полосьмак.

В статье представлены результаты молекулярно-генетического исследования останков двух носителей пазырыкской культуры, погребенных в кург. 1 могильника Ак-Алаха-1 (плато Укок, Горный Алтай, Россия), с использованием четырех систем генетических маркеров – митохондриальной ДНК, полиморфного фрагмента гена амелогенина, STR-локусов аутосом и Y-хромосомы. Установлен мужской пол обоих индивидов. Выявлены идентичные варианты митохондриальной ДНК и Y-хромосомы, что свидетельствует в пользу родства погребенных. Однако интегральное рассмотрение полученных генетических данных позволяет исключить прямое родство (отец – сын). Приведена филогенетическая и филогеографическая интерпретация данных по митохондриальной ДНК и Y-хромосоме. Исследование демонстрирует современные возможности палеогенетических методов и назревшую необходимость их широкого применения для объективизации археологических реконструкций.

https://www.researchgate.net/publication/30...AINS_in_russian

Народ рассказывает, что Пилипенко работает грязно (мнение не мое, а Чугунова) Костя сказал, что свой материал он отдает в Гарвард
 

asan-kaygy

Цензор
Лабораторий по ПалеоДНК мало.
Казахстанский материал уходит в основном в Копенгаген к Эске Виллерслеву и Макс Планка общество к Сванте Паабо.
 

asan-kaygy

Цензор
В AJHG публикована научная статья по структуре гаплогруппы N.

Human Y Chromosome Haplogroup N: A Non-trivial Time-Resolved Phylogeography that Cuts across Language Families

Anne-Mai Ilumäe, Maere Reidla, Marina Chukhryaeva, Mari Järve, Helen Post, Monika Karmin, Lauri Saag, Anastasiya Agdzhoyan, Alena Kushniarevich, Sergey Litvinov, Natalya Ekomasova, Kristiina Tambets, Ene Metspalu, Rita Khusainova, Bayazit Yunusbayev, Elza K. Khusnutdinova, Ludmila P. Osipova, Sardana Fedorova, Olga Utevska, Sergey Koshel, Elena Balanovska, Doron M. Behar, Oleg Balanovsky, Toomas Kivisild, Peter A. Underhill, Richard Villems, Siiri Rootsi

The paternal haplogroup (hg) N is distributed from southeast Asia to eastern Europe. The demographic processes that have shaped the vast extent of this major Y chromosome lineage across numerous linguistically and autosomally divergent populations have previously been unresolved. On the basis of 94 high-coverage re-sequenced Y chromosomes, we establish and date a detailed hg N phylogeny. We evaluate geographic structure by using 16 distinguishing binary markers in 1,631 hg N Y chromosomes from a collection of 6,521 samples from 56 populations. The more southerly distributed sub-clade N4 emerged before N2a1 and N3, found mostly in the north, but the latter two display more elaborate branching patterns, indicative of regional contrasts in recent expansions. In particular, a number of prominent and well-defined clades with common N3a3’6 ancestry occur in regionally dissimilar northern Eurasian populations, indicating almost simultaneous regional diversification and expansion within the last 5,000 years. This patrilineal genetic affinity is decoupled from the associated higher degree of language diversity.

http://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297(16)30160-4
Статья в PDF с возможностью скачивания.
http://sci-hub.bz/10.1016/j.ajhg.2016.05.025
Самтат дал ссылки

http://www.cell.com/cms/attachment/2061648621/2063161142
http://www.cell.com/cms/attachment/2061648...161143/mmc1.pdf
http://www.cell.com/cms/attachment/2061648621/2063161145
http://www.cell.com/cms/attachment/2061648621/2063161144
http://www.cell.com/cms/attachment/2061648621/2063161146

картинки:
http://www.cell.com/cms/attachment/2061648621/2063161139
http://www.cell.com/cms/attachment/2061648621/2063161140
http://www.cell.com/cms/attachment/2061648621/2063161141
 

Hsimriks

Пропретор
Получается, N расплодились на севере Евразии в последние 5000 лет? :)
 

asan-kaygy

Цензор
East Eurasian ancestry in the middle of Europe: genetic footprints of Steppe nomads in the genomes of Belarusian Lipka Tatars

Vasili Pankratov, Sergei Litvinov, Alexei Kassian, Dzmitry Shulhin, Lieve Tchebotarev, Bayazit Yunusbayev, Märt Möls, Hovhannes Sahakyan, Levon Yepiskoposyan, Siiri Rootsi, Ene Metspalu, Maria Golubenko, Natalia Ekomasova, Farida Akhatova, Elza Khusnutdinova, Evelyne Heyer, Phillip Endicott, Miroslava Derenko, Boris Malyarchuk, Mait Metspalu, Oleg Davydenko, Richard Villems & Alena Kushniarevich

Abstract

Medieval era encounters of nomadic groups of the Eurasian Steppe and largely sedentary East Europeans had a variety of demographic and cultural consequences. Amongst these outcomes was the emergence of the Lipka Tatars—a Slavic-speaking Sunni-Muslim minority residing in modern Belarus, Lithuania and Poland, whose ancestors arrived in these territories via several migration waves, mainly from the Golden Horde. Our results show that Belarusian Lipka Tatars share a substantial part of their gene pool with Europeans as indicated by their Y-chromosomal, mitochondrial and autosomal DNA variation. Nevertheless, Belarusian Lipkas still retain a strong genetic signal of their nomadic ancestry, witnessed by the presence of common Y-chromosomal and mitochondrial DNA variants as well as autosomal segments identical by descent between Lipkas and East Eurasians from temperate and northern regions. Hence, we document Lipka Tatars as a unique example of former Medieval migrants into Central Europe, who became sedentary, changed language to Slavic, yet preserved their faith and retained, both uni- and bi-parentally, a clear genetic echo of a complex population interplay throughout the Eurasian Steppe Belt, extending from Central Europe to northern China.

http://www.nature.com/articles/srep30197/
 
Верх