ДНК-генеалогия

asan-kaygy

Цензор
Генофонд татар
Сегодня в шоу-руме Высшей школы журналистики и медиакоммуникаций КФУ обсудили генетические исследования генома татар. Основным спикером выступил заведующий лабораторией геномной географии Института общей генетики им.Н.И. Вавилова РАН Олег Балановский.
https://www.youtube.com/watch?v=nvJxi0ndhQs&feature=youtu.be
 

asan-kaygy

Цензор
https://www.biorxiv.org/content/early/2018/10/22/448829

The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene

Martin Sikora, Vladimir Pitulko, Vitor Sousa, Morten E Allentoft, Lasse Vinner, Simon Rasmussen, Ashot Margaryan, Peter de Barros Damgaard, Constanza de la Fuente Castro, Gabriel Renaud, Melinda Yang, Qiaomei Fu, Isabelle Dupanloup, Konstantinos Giampoudakis, David Bravo Nogues, Carsten Rahbek, Guus Kroonen, Michael Peyrot, Hugh McColl, Sergey Vasilyev, Elizaveta Veselovskaya, Margarita Gerasimova, Elena Pavlova, Vyacheslav Chasnyk, Pavel Nikolskiy, Pavel Grebenyuk, Alexander Fedorchenko, Alexander Lebedintsev, Boris Malyarchuk, Morten Meldgaard, Rui Martiniano, Laura Arppe, Jukka Palo, Tarja Sundell, Kristiina Mannermaa, Mikko Putkonen, Verner Alexandersen, Charlotte Primeau, Ripan Mahli, Karl-Göran Sjögren, Kristian Kristiansen, Anna Wessman, Antti Sajantila, Marta Mirazohn Lahr, Richard Durbin, Rasmus Nielsen, David Meltzer, Laurent Excoffier, Eske Willerslev

Abstract

Far northeastern Siberia has been occupied by humans for more than 40 thousand years. Yet, owing to a scarcity of early archaeological sites and human remains, its population history and relationship to ancient and modern populations across Eurasia and the Americas are poorly understood. Here, we report 34 ancient genome sequences, including two from fragmented milk teeth found at the ~31.6 thousand-year-old (kya) Yana RHS site, the earliest and northernmost Pleistocene human remains found. These genomes reveal complex patterns of past population admixture and replacement events throughout northeastern Siberia, with evidence for at least three large-scale human migrations into the region. The first inhabitants, a previously unknown population of "Ancient North Siberians" (ANS), represented by Yana RHS, diverged ~38 kya from Western Eurasians, soon after the latter split from East Asians. Between 20 and 11 kya, the ANS population was largely replaced by peoples with ancestry from East Asia, giving rise to ancestral Native Americans and "Ancient Paleosiberians" (AP), represented by a 9.8 kya skeleton from Kolyma River. AP are closely related to the Siberian ancestors of Native Americans, and ancestral to contemporary communities such as Koryaks and Itelmen. Paleoclimatic modelling shows evidence for a refuge during the last glacial maximum (LGM) in southeastern Beringia, suggesting Beringia as a possible location for the admixture forming both ancestral Native Americans and AP. Between 11 and 4 kya, AP were in turn largely replaced by another group of peoples with ancestry from East Asia, the "Neosiberians" from which many contemporary Siberians derive. We detect additional gene flow events in both directions across the Bering Strait during this time, influencing the genetic composition of Inuit, as well as Na Dene-speaking Northern Native Americans, whose Siberian-related ancestry components is closely related to AP. Our analyses reveal that the population history of northeastern Siberia was highly dynamic, starting in the Late Pleistocene and continuing well into the Late Holocene. The pattern observed in northeastern Siberia, with earlier, once widespread populations being replaced by distinct peoples, seems to have taken place across northern Eurasia, as far west as Scandinavia.
 

asan-kaygy

Цензор
Появилась генетическая компания для тестирования собак. Цены пока немного дороже тестирования людей.
https://embarkvet.com/
Как назвали это на форуме «Собачий 23эндМи :) Вплоть до функционала».
 

asan-kaygy

Цензор
дДНК из Монголии, культурный комплекс оленных камней и херексуров, поздний бронзовый век, Хубсугульский аймаг:

http://www.pnas.org/content/early/2018/10/31/1813608115

Bronze Age population dynamics and the rise of dairy pastoralism on the eastern Eurasian steppe

Choongwon Jeong, Shevan Wilkin, Tsend Amgalantugs, Abigail S. Bouwman, William Timothy Treal Taylor, Richard W. Hagan, Sabri Bromage, Soninkhishig Tsolmon, Christian Trachsel, Jonas Grossmann, Judith Littleton, Cheryl A. Makarewicz, John Krigbaum, Marta Burri, Ashley Scott, Ganmaa Davaasambuu, Joshua Wright, Franziska Irmer, Erdene Myagmar, Nicole Boivin, Martine Robbeets, Frank J. Rühli, Johannes Krause, Bruno Frohlich, Jessica Hendy, and Christina Warinner

PNAS published ahead of print November 5, 2018

https://doi.org/10.1073/pnas.1813608115

Significance

Since the Bronze Age, pastoralism has been a dominant subsistence mode on the Western steppe, but the origins of this tradition on the Eastern steppe are poorly understood. Here we investigate a putative early pastoralist population in northern Mongolia and find that dairy production was established on the Eastern steppe by 1300 BCE. Milk proteins preserved in dental calculus indicate an early focus on Western domesticated ruminants rather than local species, but genetic ancestry analysis indicates minimal admixture with Western steppe herders, suggesting that dairy pastoralism was introduced through adoption by local hunter-gatherers rather than population replacement.

Abstract

Recent paleogenomic studies have shown that migrations of Western steppe herders (WSH) beginning in the Eneolithic (ca. 3300–2700 BCE) profoundly transformed the genes and cultures of Europe and central Asia. Compared with Europe, however, the eastern extent of this WSH expansion is not well defined. Here we present genomic and proteomic data from 22 directly dated Late Bronze Age burials putatively associated with early pastoralism in northern Mongolia (ca. 1380–975 BCE). Genome-wide analysis reveals that they are largely descended from a population represented by Early Bronze Age hunter-gatherers in the Baikal region, with only a limited contribution (∼7%) of WSH ancestry. At the same time, however, mass spectrometry analysis of dental calculus provides direct protein evidence of bovine, sheep, and goat milk consumption in seven of nine individuals. No individuals showed molecular evidence of lactase persistence, and only one individual exhibited evidence of >10% WSH ancestry, despite the presence of WSH populations in the nearby Altai-Sayan region for more than a millennium. Unlike the spread of Neolithic farming in Europe and the expansion of Bronze Age pastoralism on the Western steppe, our results indicate that ruminant dairy pastoralism was adopted on the Eastern steppe by local hunter-gatherers through a process of cultural transmission and minimal genetic exchange with outside groups.

Значимость
Начиная с бронзового века, скотоводство было доминирующим способом существования в Западной степи, но происхождение этой традиции в Восточной степи плохо изучено. Здесь мы исследуем предполагаемую раннюю скотоводческую популяцию в Северной Монголии и обнаруживаем, что молочное производство было установлено в Восточной степи к 1300 году до нашей эры. Молочные белки, сохранившиеся в зубном камне, указывают на раннее фокусирование на западных одомашненных жвачных животных, а не на местных видах, но генетический анализ указывает на минимальную примесь западных степных скотоводов, что указывает на то, что молочное скотоводство было введено путем принятия местными охотниками-собирателями, а не замены популяции.
Аннотация
Недавние палеогеномные исследования показали, что миграции западных степных скотоводов (WSH), начавшиеся в энеолите (около 3300-2700 гг. До н. Э.), глубоко трансформировали гены и культуры Европы и Центральной Азии. Однако, по сравнению с Европой, граница распространения WSH на восток не определена. Здесь мы представляем геномные и протеомные данные 22 захоронений позднего бронзового века, предположительно связанных с ранним скотоводством в Северной Монголии (ок. 1380-975 до н. э.). Геномный анализ показывает, что они в основном происходят от популяции, представленной охотниками-собирателями раннего бронзового века в Байкальском регионе, с ограниченным вкладом (≈7%) генов WSH(Западных степных скотоводов). В то же время, однако, масс-спектрометрический анализ зубного камня дает прямые белковые данные о потреблении бычьего, овечьего и козьего молока у семи из девяти человек. Ни у одного человека не было обнаружено молекулярных доказательств переносимости лактозы, и только один индивидуум показал более чем 10% вклад WSH, несмотря на присутствие популяций WSH в близлежащем Алтае-Саянском регионе в течение более чем тысячелетия. В отличие от распространения неолитического сельского хозяйства в Европе и распространения скотоводства бронзового века в западной степи, наши результаты показывают, что молочное скотоводство на основе жвачных животных было принято в Восточной степи местными охотниками-собирателями через процесс культурной передачи и минимальный генетический обмен с внешними группами.


Table S4. Uniparental haplogroups of the Khövsgöl individuals.
We determined mitochondrial haplogroups for 19 of 20 individuals, and Y haplogroups for all 12 males.

ID Sex MT-haplogroup Y-haplogroup 1
ARS001 M D4  Q1a2a1c (Q-L334;Q-L330)
ARS002 F D4j5  -
ARS003 M U5a2d1  N1c1a (N-M178)
ARS004 M F2a  Q1a2 (Q-L942;Q-M346)
ARS005 M D4e1  Q1a2a1 (Q-L54)
ARS006 F C4a1a+195 -
ARS007 M A+152+16362 Q1a2a (Q-L475;Q-L53)
ARS008 M C4a2c  Q1a2a1c (Q-L330)
ARS009 F D5a2a  -
ARS011 M n/d  Q1a2 (Q-L56;Q-M346)
ARS012 F C4a2a1  -
ARS013 F C  -
ARS014 F C4a2c1  -
ARS015 M G3a  Q1a1 (Q-Y706;Q-F1096)
ARS016 M A+152+16362+16189 Q1a2a1c (Q-L334;Q-L330)
ARS017 F G2a  -
ARS018 M B5b1  Q1a (Q-M1117;Q-L472)
ARS024 F C4a1a1  -
ARS025 M D4b1a2a  Q1a2a (Q-L475;Q-L53)
ARS026 M C4a1a+195 R1a1a1b2a2a (R-Z2123)

Notes: 1 Due to incomplete coverage of informative Y chromosome SNPs, Y haplogroup assignment has not gone down to the tip for some individuals.
The assigned haplogroup is the most downstream one supported by the presence of derived alleles.
 

asan-kaygy

Цензор
Перепост:
Whole-genome sequencing of 175 Mongolians uncovers population-specific genetic architecture and gene flow throughout North and East Asia

Haihua Bai, Xiaosen Guo, Narisu Narisu, Tianming Lan, Qizhu Wu, Yanping Xing, Yong Zhang, Stephen R. Bond, Zhili Pei, Yanru Zhang, Dandan Zhang, Jirimutu Jirimutu, Dong Zhang, Xukui Yang, Morigenbatu Morigenbatu, Li Zhang, Bingyi Ding, Baozhu Guan, Junwei Cao, Haorong Lu, Yiyi Liu, Wangsheng Li, Ningxin Dang, Mingyang Jiang, Shenyuan Wang, Huixin Xu, Dingzhu Wang, Chunxia Liu, Xin Luo, Ying Gao, Xueqiong Li, Zongze Wu, Liqing Yang, Fanhua Meng, Xiaolian Ning, Hashenqimuge Hashenqimuge, Kaifeng Wu, Bo Wang, Suyalatu Suyalatu, Yingchun Liu, Chen Ye, Huiguang Wu, Kalle Leppälä, Lu Li, Lin Fang, Yujie Chen, Wenhao Xu, Tao Li, Xin Liu, Xun Xu, Christopher R. Gignoux, Huanming Yang, Lawrence C. Brody, Jun Wang, Karsten Kristiansen, Burenbatu Burenbatu,
Huanmin Zhou, Ye Yin

Abstract

The genetic variation in Northern Asian populations is currently undersampled. To address this, we generated a new genetic variation reference panel by whole-genome sequencing of 175 ethnic Mongolians, representing six tribes. The cataloged variation in the panel shows strong population stratification among these tribes, which correlates with the diverse demographic histories in the region. Incorporating our results with the 1000 Genomes Project panel identifies derived alleles shared between Finns and Mongolians/Siberians, suggesting that substantial gene flow between northern Eurasian populations has occurred in the past. Furthermore, we highlight that North, East, and Southeast Asian populations are more aligned with each other than these groups are with South Asian and Oceanian populations.

http://www.nature.com/articles/s41588-018-0250-5

В работе есть и сведения о гаплогруппах игрек-хромосомы.
 

asan-kaygy

Цензор
Наименьшая межгрупповая изменчивость
(3.6 %) была выявлена именно
при пятой («современной») группировке
(см. таблицу). Это ука зывает
на то, что между современными казахскими
популяциями различных государств
нет существенных различий
при допущении, что большая часть
со временных популяций является потомками
населения тех же уездов.
Максимальное значение межгрупповой
изменчивости (12.3 %) получено
при объединении популяций,
согласно социально-территориальному
подразделению времен казахского
ханства (жузы), существовавшему
не менее 550 лет тому назад. Такой
ре зультат свидетельствует о том, что
окончательное структурирование казахского
генофонда произошло во
вре мя казахского ханства.
Результаты группировки популяций
по более ранним географическим
подразделениям указывают на значимое
наследие Монгольской империи
(«улусы», 10.7 %) и позволяют предположить,
что уже в эпоху Монгольской
империи (Золотая Орда) начинает
формироваться пространственная
структура современного генофонда
казахов.
Полученные результаты склоняют
чашу весов в пользу гипотезы
Т.И. Султанова, указывающей, что
жузы возникли после распада Золотой
Орды (Кляшторный, Султанов, 1992;
Сабитов, 2014), нежели в сторону альтернативной
гипотезы (Аманжолов,
1959), постулирующей, что казахи подразделились
на жузы еще в X–XII веках,
до объединения Чингисханом
тюрков и монголов в одну империю
Жабагин М.К., Балановский О.П., Сабитов Ж.М., Темиргалиев А.З., Агджоян А.Т., Кошель С.М., Раманкулов Е.М., Балановская Е.В. Реконструкция структуры генофонда казахов по данным об их родорасселении. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(7):895-904.
https://www.academia.edu/37716863/%D0%96%D0...18_22_7_895-904
 

asan-kaygy

Цензор
Жабагин М.К., Балановский О.П., Сабитов Ж.М., Темиргалиев А.З., Агджоян А.Т., Кошель С.М., Раманкулов Е.М., Балановская Е.В. Реконструкция структуры генофонда казахов по данным об их родорасселении. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(7) Приложение https://www.academia.edu/37725268/%D0%96%D0...%BD%D0%B8%D0%B5
 

asan-kaygy

Цензор
Гаплогруппы Y-хромосомы оленеводов тувинцев: цаатанов Монголии и тоджинцев Тывы

Балинова Наталья Валерьевна
ФБГНУ Медико-генетический научный центр (Москва), Россия
e-mail: balinovs@mail.ru

....для сбора материала была проведена экспедиция 2016 года в Хубсугульский аймак Монголии, Тоджинский и Кызыльский кожун Республики Тыва. В ходе которой был собран генетический материал и антропометрические данные у взрослого населения. В анализ гаплогрупп Y-хромосомы вошли 23 цаатана из сомона Цаганур Хубсугульского аймака, 46 тоджинцев из сел Йи и Адыр-Кежик Тоджинскиго кожуна Республики Тыва. Для исследования была взята тотальная ДНК, выделенная из лейкоцитов периферической крови мужчин с использованием стандартных методов фенол-хлороформной экстракции. Определение гаплогрупп проводили по диалельным маркерам для Y-хромосомы: M9,M130, M77, M407, M217, M207, Page07, M242, M25, M231, P43, TAT, M128, F2930,F4205....

...В результате анализа гаплогрупп Y-хромосомы цаатанов и тоджинцев выявлены три гаплогруппы у цаатанов и 7 гаплогрупп у тоджинцев.

У цаатанов практически две мужские линии ведут свой род, только гаплогруппы N3a5-F4205 (12 чел) и Q1a1b-M25 (10 чел) составляют разнообразие, скорее всего тут сыграл роль эффект основателя. Лишь один человек отличается и имеет гаплогруппу C2b1b1-M77, распространенную в Западной Монголии. По словам администрации села, высокий процент инбридинга наблюдается среди цаатанов около 50 лет, с тех пор как прекратились брачные связи с тоджинцами.

У тождинцев самой распространенной гаплогруппой является Q1a1bМ25 (23 чел) остальные гаплогруппы представлены следующим образом: N3a5-F4205 (7 чел), N3b-B187 (1 чел), N2a1-B478 (6 чел), R1a-Page07 (5 чел), C2b1b1-M77 (2 чел), C3-M217 (2 чел). Представленное разнообразие в целом не выбивается из общего тувинского и самые встречаемые гаплогруппы в популяциях Тывы N1b, N1c, Q1a [Харьков и др., 2013].

Филогеногеография гаплогруппы N хорошо структурирована, подклан N3b-B187 характерен для Южной Сибири и Монголии, встречается у казахов, алтайцев, тувинцев. N3a5 явно ограничен Восточной Евразией: N3a5-F4205 выделяется вокруг озера Байкал среди монголоязычных бурят и монголов.

Группа N2a1-B478 охватывает Западную и Южную части Сибири, полуострова Таймыр и Волго-Уральский край с частотами от 10% до 30% и не распространяется на восточную Сибирь[Ilumae, 2016].

Вклад Q1a1b-M25 часто встречается в тюркоязычных популяциях, а временные оценки распространения составили примерно 3-5 тыс лет назад [Huang et all, 2017]и маршрут пролегал из Центральной Азии в Западную Азию и Венгрию в Центральной Европе. Результаты совпали с тюркскими кочевыми миграциями из Южной Сибири и Монголии в Центральную и Западную Азию, Кавказ и Восточную Европу [Unusbaev et all, 2015]. Для труднодоступных мест, а именно таежных районов сохранение на высоком уровне данного вклада говорит скорее о более древней составляющей генофонда.

Невысокая встречаемость гаплогруппы С3 и С2, распространенных в степной части Монголии, говорит о том что волны расселения связанные с кочевыми миграциями монголов сюда мало проникали.

Гаплогруппа R1a встречается в Южной Сибири и имеет географическую изменчивость частоты встречаемости достигая максимума на юге Алтая (более 50%)[Харьков и др., 2009]. и в Тыве имеет вариации до 18% [Харьков и др., 2013].


В целом генетическое разнообразие частот гаплогрупп Y-хромосомы в популяциях цаатанов и тоджинцев говорит об общности происхождения с тувинским этносом.


http://conf.ict.nsc.ru/files/conferences/i...s_431609_ru.pdf
 

asan-kaygy

Цензор
Molecular Genetic Analysis of Population Structure of the Great Zhuz Kazakh Tribal Union Based on Y-Chromosome Polymorphism
Historically, the Kazakhs formed through an amalgam of nomadic tribes that previously belonged to the Golden Horde. The Kazakh tribes were geographically divided into three tribal associations—the Great, the Middle, and the Lesser zhuzes. One of the unsolved problems in the Kazakhs’ ethnic history remains the issue of the genetic relationships between tribes composing the zhuzes. The aim of the current work was to study intertribal genetic relations in the Great zhuz. To achieve this goal, we investigated the biallelic polymorphisms of Y chromosome in the 12 tribes of the Great zhuz. Twenty-seven haplogroups of Y chromosome were identified. The comparative analysis of the haplogroup distribution revealed complexity of the Great zhuz gene pool. The results obtained suggest that the Great zhuz was formed by combining not only genetically related, but also quite remote, groups of tribes.
https://link.springer.com/article/10.3103/S0891416818020040
 

asan-kaygy

Цензор
ГАПЛОГРУППА J2a-M410 В СУБЭТНИЧЕСКИХ ГРУППАХ БАЛКАРЦЕВ ПО ДАННЫМ МИКРОСАТЕЛЛИТНОГО РАЗНООБРАЗИЯ

© М.А. Джаубермезов, Н.В. Екомасова, С.С. Литвинов, Э.К. Хуснутдинова


Проведён анализ генетического разнообразия популяции балкарцев проживающих в центральной части Северо-Кавказского региона по данным о Y-STR (Short tandem repeats). По результатам генотипирования выявлено 15,3% населения относящиеся к гаплогруппе J2a-M410. В ходе изучения распространения данной гаплогруппы в субэтнических группах балкарцев было показано высокое ее содержание в группе малкарцев, где она составила 20,6% от разнообразия гаплогрупп Y-хромосомы. В группе безенгиевцев частота данной гаплогруппы снижается до 18,4%, среди чегемцев встречается у 13,5% населения, среди холамцев у 10,7%, в популяции баксанцев – 9,5%. Нами проведено гаплотипирование образца относящегося к гаплогруппе J2a-M410. В результате построения медианной сети была показано удаление чегемцев и части малкарцев от остальных изученных образцов принадлежащих к гаплогруппе J2a-M410.

стр.114

http://конференция.биоуфа.рф/IUR-2018-3-1.pdf
 

asan-kaygy

Цензор
ГАПЛОГРУППА R1A-Z2122 В ПОПУЛЯЦИИ БАЛКАРЦЕВ И КАРАЧАЕВЦЕВ ПО ДАННЫМ 23 Y-STR

Джаубермезов М.А., Екомасова Н.В., Литвинов С.С., Габидуллина Л.Р., Хуснутдинова Э.К. Башкирский государственный университет, г. Уфа, Россия

Географические, исторические, этнологические, а так же культурные особенности территории Кавказа всегда вызывали особый интерес к изучению этого уникального региона. Повышенное внимание авторов было уделено тюркоязычным популяциям центральной части Северного Кавказа, а именно балкарцам и карачаевцам.

В целом численность балкарцев и карачаевцев в России и зарубежных странах насчитывает около 460 тыс. человек. Большинство представителей этих народов компактно проживают в Карачаево-Черкесской и Кабардино-Балкарской республиках. Среди балкарцев выделяют 5 субэтнических групп (баксанцы, чегемцы, холамцы, безенгиевцы и малкарцы), заселяющих одноименные ущелья Центрального Кавказа.

В популяционно-генетических исследованиях в качестве молекулярно-генетических маркеров широко используются микросателлиты (STR - Short tandem repeats). Из-за высокой степени изменчивости и высокой степени аллельного полиморфизма, короткие тандемные повторы (STR) показывают недавние события в истории изучаемой популяции.

На секвенаторе Applied Biosystems 3730xl нами были проанализированы микросателлитные локусы (DYS19, DYS385, DYS389 I, DYS389 II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, DYS448, DYS456, DYS458, DYS481, DYS533, DYS549, DYS570, DYS576, DYS635, DYS643, YGATAH4) среди представителей гаплогруппы R1a-Z2122 из популяции балкарцев и карачаевцев.

С частотой 2,4% данная гаплогрупа обнаружена в популяции карачаевцев и 3,4% в популяции балкарцев. Что интересно, в субэтносе чегем частота R1a-Z2122 составляет 6,8%, что является абсолютным максимумом для всех изученных народов Кавказа. Для углубленного изучения этой гаплогруппы произведено гаплотипирование по 23 Y-STR. Крайне скудные данные Y-STR с гаплотипами из популяций других регионов не позволили определить генетическую связь с иными регионами, но всё же выявляется довольно существенная вариабельность внутри нашей выборки.

стр.394

http://matem.anrb.ru/bsuconf/2018/tezisu.pdf
 

asan-kaygy

Цензор
ВОСТОЧНОЕВРАЗИЙСКАЯ ГАПЛОГРУППА R1B-M478 В ПОПУЛЯЦИИ БАЛКАРЦЕВ ПО ДАННЫМ Y-STR

Джаубермезов Мурат Алиевич, Аспирант, Башкирский государственный университет, muratkbr12@gmail.com

Екомасова Наталья Вадимовна, К.б.н., доцент, Башкирский государственный университет trofimova_nata_@mail.ru

Литвинов Сергей Сергеевич К.б.н., с.н.с., Институт биохимии и генетики—обособленное структурное подразделение ФГБНУ Уфимского федерального исследовательского центра РАН seregtg@gmail.com

Габидуллина Лилия Рафисовна Башкирский государственный университет, liliya.gab@gmail.com

Хуснутдинова Эльза Камилевна Д.б.н., профессор, Башкирский государственный университет, Институт биохимии и генетики—обособленное структурное подразделение ФГБНУ Уфимского федерального исследовательского центра РАН elzakh@mail.ru

Аннотация. Проведён анализ генетического разнообразия популяции балкарцев проживающих в центральной части Северо-Кавказского региона по данным о Y-STR (Short tandem repeats). Выявлено 13,6% населения относящиеся к гаплогруппе R1b-М343, из которых 11,5% к одной из её ветвей—R1b-M478. Нами проведено гаплотипирование образцов относящихся к гаплогруппе R1b-M478. В результате построения медианной сети была показана кластеризация балкарцев с мегрелами и карачаевцами, а также их удаление от остальных изученных индивидов в том числе от тюркоязычных башкир, татар, а также географических соседей — кабардинцев. Для оценки генетического взаимоотношения по данным Y-STR между балкарцами и другими изученными популяциями, нами был проведен анализ главных компонент. По результатам данного анализа кластеризация балкарцев, карачаевца и мегрела сохранилась, что говорит об их генетическом родстве.

http://www.vipstd.ru/index.php/серия-естес...20-nt-2018-06-1
 

asan-kaygy

Цензор
Ancient DNAs and the Neolithic Chinese super-grandfather Y haplotypes

Ye Zhang, Xiaoyun Lei, Hongyao Chen, Hui Zhou, Shi Huang
doi: https://doi.org/10.1101/487918

Abstract

Previous studies identified 3 Neolithic Han Chinese super-grandfather Y haplotypes, O2a2b1a1a-F5, O2a2b1a2a1-F46, and O2a1b1a1a1a-F11, but their relationships with the archaeological and written records remain unexplored. We here report genome wide DNA data for 12 ancient samples (0.02x-1.28x) from China ranging from 6500 to 2500 years before present (YBP). They belonged to 4 different genetic groups, designated as Dashanqian (DSQ) of Xiajiadian Culture in the Northeast, Banpo (BP) of middle Yangshao Culture in the Central West, Zhengzhou Xishan (ZX) of Miaodigou Culture in the Central Plains, and Others. Present day F5 samples were closer in autosomal distances to the ZX and DSQ groups while F11, C, O1, and O2 samples were closer to the BP group. We also sequenced the Y chromosome of one of these ancient samples K12 from DSQ and found both K12 and a previously reported ~4000 year old sample MG48 from Northwest China to have the O2a2b1a1a1a2a-F2137 haplotype, belonging to the most prolific branch O2a2b1a1a1-F438 immediately under F5. We further found close relationships between ZX and DSQ and between ZX and ancient M117 Tibetans or present day Southwest Dai Chinese carrying the F5 subtype O2a2b1a1a6, implicating radiations of F5 subtypes from the putative place of F5 origin in ZX. These results are remarkably consistent with archaeological and written records.

Sample name Ages (BP) # SNPs slow Coverage Culture Sites
FQ17 2500 1200 0.113 East Zhou Fushan Qiaobei, Shanxi
K2 3000 8300 1.2796 Xiajiadian Upper Dashanqian, Chifeng, Inner Mongolia
K12 3000 2000 0.2071 Xiajiadian Upper Dashanqian, Chifeng, Inner Mongolia
S1 3920 350 0.043 Xiaoheyan Halahaigou, Chifeng, Inner Mongolia
SG2046 3500 1500 0.1668 Xiajiadian Lower Sanguan, Hebei
DZ14 5000 1980 0.0712 Late Yangshao Duzhong, Mianchi Henan
BP38 6500 966 0.0556 Yangshao Banpo, Xian
ZX167 5300 3722 0.0674 Miaodigou Zhengzhou Xishan,Henan
ZX107 5300 161 0.0179 Miaodigou Zhengzhou Xishan,Henan
PAB3002 3000 2300 0.2361 Gaotaishan Pinganbao, Liaoning
ZK22 4200 500 0.0485 Zhukaigou Zhukaigou, Ordos, Inner Mongolia
H69 3500 1692 0.0304 Early Shang Xuecun, Zhengzhou,Henan
 

asan-kaygy

Цензор
https://www.cell.com/current-biology/fullte...9822(18)31495-7

Y Chromosome Sequences Reveal a Short Beringian Standstill, Rapid Expansion, and early Population structure of Native American Founders

Thomaz Pinotti, Anders Bergström, Maria Geppert, Matt Bawn, Dominique Ohasi, Wentao Shi, Daniela R. Lacerda, Arne Solli, Jakob Norstedt, Kate Reed, Kim Dawtry, Fabricio González-Andrade, Cesar Paz-y-Miño, Susana Revollo, Cinthia Cuellar, Marilza S. Jota, José E. Santos Jr., Qasim Ayub, Toomas Kivisild 16, José R. Sandoval, Ricardo Fujita, Yali Xue, Lutz Roewer, Fabrício R. Santos, Chris Tyler-Smith 17

Open Access
Published: December 20, 2018
DOI:https://doi.org/10.1016/j.cub.2018.11.029

Highlights
• We sequenced 20 Native American Y chromosomes chosen for their genetic diversity
• A Beringian Standstill of <4,600 years led to both Siberian and American Y-lineages
• Y-lineage split times rule out occupation of the Americas before 19,500 years ago
• Present-day male population structure in South America arose before 12,000 years ago

Summary

The Americas were the last inhabitable continents to be occupied by humans, with a growing multidisciplinary consensus for entry 15–25 thousand years ago (kya) from northeast Asia via the former Beringia land bridge [1, 2, 3, 4]. Autosomal DNA analyses have dated the separation of Native American ancestors from the Asian gene pool to 23 kya or later [5, 6] and mtDNA analyses to ∼25 kya [7], followed by isolation (“Beringian Standstill” [8, 9]) for 2.4–9 ky and then a rapid expansion throughout the Americas. Here, we present a calibrated sequence-based analysis of 222 Native American and relevant Eurasian Y chromosomes (24 new) from haplogroups Q and C [10], with four major conclusions. First, we identify three to four independent lineages as autochthonous and likely founders: the major Q-M3 and rarer Q-CTS1780 present throughout the Americas, the very rare C3-MPB373 in South America, and possibly the C3-P39/Z30536 in North America. Second, from the divergence times and Eurasian/American distribution of lineages, we estimate a Beringian Standstill duration of 2.7 ky or 4.6 ky, according to alternative models, and entry south of the ice sheet after 19.5 kya. Third, we describe the star-like expansion of Q-M848 (within Q-M3) starting at 15 kya [11] in the Americas, followed by establishment of substantial spatial structure in South America by 12 kya. Fourth, the deep branches of the Q-CTS1780 lineage present at low frequencies throughout the Americas today [12] may reflect a separate out-of-Beringia dispersal after the melting of the glaciers at the end of the Pleistocene.

Основные моменты

• Мы секвенировали 20 индейских Y-хромосом, выбранных с учетом их генетического разнообразия

• Берингийский застой длительностью менее 4600 лет привел к появлению как сибирских, так и американских Y-линий

• Времена разделения Y-линий исключают заселение Америки древнее 19 500 лет назад

• Современная структура мужского населения в Южной Америке возникла до 12 000 лет назад

Резюме

Северная и Южная Америка были последними обитаемыми континентами, которые были заняты людьми, с растущим междисциплинарным консенсусом для входа 15-25 тысяч лет назад (тлн) из Северо-Восточной Азии через бывший берингийский сухопутный мост [1, 2, 3, 4]. Аутосомный анализ ДНК датировал отделение предков американских индейцев от азиатского генофонда до 23 тыс. лет назад или позже [5, 6], а анализ мтДНК - до 25 тыс. лет назад [7] с последующей изоляцией («Берингский застой» [8, 9]). ) на 2,4–9 тыс. лет, а затем быстрое распространение по всей Америке. Здесь мы представляем калиброванный, основанный на секвенировании, анализ 222 индейских и соответствующих евразийских Y-хромосом (24 новых) из гаплогрупп Q и C [10], с четырьмя основными выводами. Во-первых, мы определяем три-четыре линии независимого происхождения как автохтонные и вероятна предковые: основная Q-M3 и более редкая Q-CTS1780, присутствующие в Северной и Южной Америке, очень редкая C3-MPB373 в Южной Америке и, возможно, C3-P39 / Z30536 в Северной Америке. Во-вторых, исходя из времени расхождения и евразийско-американского распределения линий, мы оцениваем продолжительность Берингийского застоя в 2,7 тыс. лет или 4,6 тыс. лет, согласно альтернативным моделям, и продвижение к югу от ледяного покрова после 19,5 тыс. лет. Назад. В-третьих, мы описываем звездообразное расширение Q-M848 (в пределах Q-M3), начиная с 15 тыс. лет назад [11] в Северной и Южной Америке, с последующим установлением существенной пространственной структуры в Южной Америке к 12 тыс. лет. назад. В-четвертых, глубокие ветви линии Q-CTS1780, присутствующие сегодня на низких частотах по всей Северной и Южной Америке [12], могут отражать отдельное расселение из Берингии после таяния ледников в конце плейстоцена.
 
Верх