Насчет князей причина не в потомстве, внук Шемяки и Ивана Можайского вполне нормально чувствовали себя в Литве и владели большими уделами. Пока черт не дернул их за ногу, перейти на Русь к Ивану 3. Тут и поехало. Насчет конца Василия Стародубского не помню, вроде его Шемячич согнал с княжества. А история Шемячича всем известна - Василий 3 рубил головы за просто так, не хуже Ивана Грозного.
Но в целом феодальная война просто уничтожила почти всех потомков Ивана Калиты. Список немаленький:
Юрий Дмитриевич - умер;
Василий Юрьевич Косой - умер в заточении;
Дмитрий Юрьевич Шемяка - отравлен;
Дмитрий Юрьевич Красный - умер;
Иван Шемячич - ушел в литву;
Иван Андреевич Можайский - ушел в Литву;
Василий Ярославич - заточен в тюрьму, кажется тоже умер.
По крайней мере пять княжеств за кототкий период времени ликвидировано насильственным путем.
Остался из московских князей только Михаил Андреевич, и того, через некоторое время заставят подписать завещание с отказом.