Орденское государство было разделено на ряд административных единиц, земли (боливики) Пруссия, Германия, Ливония, фоггства (приораты), комтурии (командорства, каждое из которых включало замок и прилегающую к нему территорию).
Во главе Ордена стоял гроссмейстер (великий магистр) Он выбирался пожизненно, но не имел абсолютной власти. Для обсуждения всех важных вопросов собирался капитул, включавший представителей каждого боливика, вместе с которыми заседал совет из пяти чиновников. Совет этот находился при магистре постоянно и вместе с ним осуществлял повседневное управление в период между съездами капитула
Совет состоял из великого комтура, который замещал магистра в мирное время, выполняя также функции квартирмейстера, великого маршала (он замещал магистра на поле боя и ведал всеми военными делами); великого госпитальера - начальника лазаретов; великого ризничего (этот чиновник ведал всеми хозяйственными делами Ордена), великого казначея, в руках которого были сосредоточены финансовые операции корпорации
Власть в землях принадлежала ландмагистрам (сперва их было трое, затем, когда великий магистр перебрался в Пруссию, должность прусского ландмагистра исчезла за ненадобностью). При ландмагистрах функционировали советы, по структуре подобные совету при великом магистре. В фогтствах управляли фогты, а в комтурствах - комтуры (командоры).