Уточним для начала, мы говорим о языке славян Х века. Диалектные различия тогда уже существовали, но в зачаточном состоянии.
Почему в окончаниях нет -s.
Слово всегда должно было заканчивать на гласный, в соответствии с законом открытого слога: сы-нъ *sUnun, ма-те-рь *mAtEr, (большими буквами обозначаются долгие гласные;* - праславянская реконструкция). Ну а почему
должно - сие науке неизвестно.
Разнообразие шипящих.
При вступлении в силу закона открытого слога, в старославянском наметился конфликт фонологической и морфологической систем. Первым пострадали
сверхтвердые к, г, х - в определенной позиции они переходили в ч, ж, щ - 1-ое смягчение, затронувшее всех славян. Потом было второе, когда к, г, х перешли в ц, з, с, далее cдал позиции j. Но последние два явления затронули только южных и восточных славян. Рефлексы были самые разнообразные, посмотреть можно у Хабургаева:
(Старославянский язык) со страницы 143. Там есть интересные примеры.
Кстати, назревает техническая проблема: славянский и фонетический шрифты.
Ударение.
Ударение было не силовым, а интонационным (праславянское наследие). Точно установлено существование восходящего и нисходящего тона. Мейе, помнится, говорил чуть ли не о шести видах ударения. То есть он учитывал и интонационные и силовое и, их сочетания. В общем, думается, что ситуация, действительно, была очень похожа на чешский, где есть и тональное и силовое ударение. Причем последнее фиксированное.