Для катаризма с самого начала был характерен резкий антиклерикализм (критика так называемых «предрассудков церкви Римской» — культа святых, реликвий, изображений и т. д.). Однако, критикуя «отступничество церкви Римской», они никогда не утверждали того, что Церковь и её иерархия не нужны вообще.
Как и у католиков, в церкви катаров существовало разделение на
клир и
мирян. Миряне (
лат. credentes, или «верующие») не должны были отрекаться от своих прежних католических привычек или привязанностей, но они признавали духовный авторитет катарских наставников (
лат. perfecti, или «совершенных»).
Катарский клир соединял в себе смешанные функции священников и монахов. К нему причислялись как мужчины, так и женщины. Подобно католическим священникам, катарские «совершенные» проповедовали, обеспечивали ритуал спасения душ и отпущение грехов. Подобно монахам, они жили в общинах, соблюдали посты и воздержания и ритуальные часы молитв.
Так же, как и католический епископ в своей епархии, катарский епископ являлся источником священства, от его рук происходило посвящение членов общины. Крещённые (высвяченные) епископом верующие вели жизнь, посвящённую Богу, и считали, что имеют власть отпускать грехи. Эта власть, как считалось, передаётся от «одних „добрых людей“ к другим». В текстах катаров она составляет суть «ордена святой Церкви». Катары считали, что их епископы передают друг другу эту традицию по прямой линии от
апостолов.
Во главе каждой катарской Церкви стоял епископ и два его помощника (
коадъютора) — «старший Сын» и «младший Сын», также высвяченные епископом на этот сан. После смерти епископа, «старший Сын» становился его непосредственным преемником. Территория епископства была разделена между определённым количеством
диаконов: они играли посредническую роль между епископской иерархией и общинами, находящимися в деревнях и городках, которые они регулярно посещали. Сами епископы редко жили в крупных городах, предпочитая общины небольших городков. По мнению историков, такая церковная организация напоминает структуру ранней христианской Церкви.