После вступления В. В. Путина в должность президента России НТВ стал усиленно преследоваться как канал оппозиционного олигарха Гусинского[25][26]. По мнению Шендеровича, главным толчком мог стать сюжет «Крошка Цахес», в котором приход Путина к власти обыгрывался на сюжете сказки Гофмана. Путин представал в нём в виде уродливого карлика, которого по волшебству «телевизионной феи» (Березовского) все воспринимают как красавца[27][28]. Шендерович считает, Путин как человек злопамятный и, так же как и он сам, небольшого роста воспринял этот сюжет к тому же как физиологическое оскорбление[29][30] (но как видно из списка выше, эта передача не стала последней в серии).
Вследствие развития событий вокруг дела НТВ в апреле 2001 года «Куклы» продолжили выход в эфир на этом телеканале с оставшимся коллективом постоянных авторов[31], но без Виктора Шендеровича: он покинул НТВ вместе с основным составом сотрудников телеканала (командой Киселёва). Согласно контракту с одним из производителей в лице французской компании SHK, программа «Куклы» до конца 2001 года должна была выходить только на канале НТВ и не переходить к другим вещателям[32]. Некоторыми телевизионными критиками и зрителями стали часто высказываться мнения об изменении вектора сатиры в новых выпусках «Кукол», созданных без участия Шендеровича[33][34].
В начале осени 2002 года программа по непонятным причинам исчезла из эфира[35]. Выход программы был возобновлён в ноябре-декабре 2002 года[36]: но теперь программа выходила в ночь с воскресенья на понедельник без повторов (ранее выпуски повторялись утром или вечером в понедельник). Одними из последних программ были «Нос» и «Дублёр». В начале 2003 года программу закрыли из-за снизившихся рейтингов[37]. В дальнейшем выходил также «Театр Кукол» с М. Леонтьевым по «Первому каналу», но стилистика передачи стала совершенно другой. В ней Михаил Леонтьев обсуждал ту или иную острую тему недели, и время от времени в кадре появлялись короткие ролики с куклами[38].
В 2003 году «Куклы» хотели вернуть на экраны в обновлённом виде, об этом в интервью «Комсомольской правде» говорил продюсер Василий Григорьев:
"Правила образца 95-го года, по которым мы играли раньше, устарели. Подкидной дурак сменился - ну, скажем, преферансом. Игра стала более интеллектуальной..".
С 4 октября 2004 по 3 июля 2005 года на канале ДТВ выходило кукольное шоу «Звёздная семейка», где куклами были уже звезды российской эстрады и известные люди российского шоу-бизнеса — Алла Пугачёва, Филипп Киркоров, Анастасия Стоцкая, Максим Галкин, Борис Моисеев и другие[39][40].
Схожая идея сатирического изображения политики использовалась с 2005 по 2008 год на канале НТВ в телепрограмме «Реальная политика с Глебом Павловским». В ней ведущий программы Глеб Павловский и его соведущие Максим Кононенко и Вячеслав Глазычев обсуждали ту или иную тему недели, связанную с российской и международной политикой. Между сюжетами показывали небольшой ролик, где российские политики изображались в компьютерном виде. Изображалось и тело без головы, которое говорило голосом, очень похожим на голос Путина. Схожесть с программой «Куклы» была в том, что в ней реальные политические личности изображались комически и затрагивали какую-нибудь важную российскую тему[41][42][43][44].
В апреле 2008 года контракт Глеба Павловского с руководством НТВ истёк, и программу убрали из эфира.
). Впрочем, слухи об усилении патрулирования ПЛАРБами были даже на нашем форуме, но это было сильно позже собственно присоединения Крыма, где-то в мае-июне 2014 (точнее затрудняюсь найти в 1683-страничной теме 
