О личной жизни Филарета ходило много слухов, его обвиняли в нарушении монашеского обета. По данным СМИ, в 1946 году, будучи студентом Одесской семинарии, он познакомился с Евгенией Петровной Родионовой, которая сожительствовала с ним до самой смерти в 1998-м. На людях она представлялась сестрой Филарета, однако в церковных кругах знали, что она являлась его гражданской женой. А трое детей – Вера, Любовь и Андрей, – которые по документам считались приемными, якобы взятыми Родионовой на воспитание, были на самом деле родными детьми владыки.
Евгения Петровна сопровождала митрополита Киевского на всех важных приемах и принимала решения о назначениях в высшей церковной среде. По словам очевидцев, женщину между собой даже называли «владычицей всея Украины», поскольку без ее согласия Филарет не принимал никаких важных решений. Тем не менее сам патриарх, комментируя неудобные факты своей биографии, подчеркивает, что никогда не был женат. А на фото, растиражированных СМИ, изображена его сестра с племянниками.