Asan-kaygy сказал(а):
Спасибо
Так этот круг (он на стр 12 (882) в обсуждаемой статье) - и есть дерево
Просто растущее не снизу вверх, сверху вниз или из бока в бок, а радиально от центра
ДНК-генеалогия
- Автор темы asan-kaygy
- Дата начала
Так этот круг (он на стр 12 (882) в обсуждаемой статье) - и есть дерево
Просто растущее не снизу вверх, сверху вниз или из бока в бок, а радиально от центра
asan-kaygy
Цензор
Часто, очень часто.
Но какой процент разветвлений построенного по STR дерева обычно оказывается с неверной топологией?
5%, 20% или 50%?
Топология прикорневых разветвлений более надежно определяется по STR-ам?
Или наоборот хуже, чем в среднем по всем разветвлениям дерева?
Древо гаплогрупп 2014 http://www.phylotree.org/Y/Y_tree_skeleton.pdf
Интересно, каковы более-менее обоснованные гипотезы о регионе, где ветвь (P), от которой произошли Q и R, могла отделиться, от ветви, от которой произошли M и S?
Поражает, что М и S - ветви, преобладающие на новой Гвинее - оказались наиболее родственны гаплогруппам, преобладающим в Америке и отчасти Сибири (Q) и среди индоевропейцев ®
Интересно, каковы более-менее обоснованные гипотезы о регионе, где ветвь (P), от которой произошли Q и R, могла отделиться, от ветви, от которой произошли M и S?
Поражает, что М и S - ветви, преобладающие на новой Гвинее - оказались наиболее родственны гаплогруппам, преобладающим в Америке и отчасти Сибири (Q) и среди индоевропейцев ®
Не могла ли R2 быть разнесена (в ЮВА, да и на юго-восточный берег Индии) сингалами с Цейлона?Вот карта распространения R2
Интересно, где живут наиболее древние ее субклады?
На Индостане? В Кашмире? Или в Индокитае?
Кстати, а могла ли часть предков Сингалов (отплывших, как известно, с берегов залива к северу от Бомбея и осевшие на Цейлоне и мальдивах) осесть одновременно ещё и на Коромандельском берегу где-то ближе к устью реки Кришны?
Надо субклады смотреть, возраста...
Но судя вот хотя бы по ISOGG гаплогруппа R2 изучена хуже, чем R1b и R1a.
Сравните просто число субкладов на дереве - http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpR.html
Южная Азия просто тёмный лес в сравнении с Европой...
Я за южный маршрут, там разнообразие на югах повыше вроде.
Если с севера шли бы, то почему в Сибири и у индейцев, например, каких-нибудь дивергентных потомков K нет? Зато на югах какие-то всякие реликтовые K2c на Бали, K2d на Яве и всё такое...
По R2 не получается нарыть субклады с указанием места их распространения
Хотелось бы знать, где наиболее древние (прикорневые) субклады - в Кашмире, на Цейлоне, на Коромандельском берегу или может (хотя не верится) в ЮВА?
А где там указано распространение субкладов?Но судя вот хотя бы по ISOGG гаплогруппа R2 изучена хуже, чем R1b и R1a.
Сравните просто число субкладов на дереве - http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpR.html
Южная Азия просто тёмный лес в сравнении с Европой...
asan-kaygy
Цензор
Никто не измерял, но клесов легко путает субклады и гаплогруппы. Даже умудрился посчитать ТМРСА для людей и шимпанзе на основе СТР-мутаций.
Если не секрет, где Вы об этом прочли? Обзорч какой-то?Alamak сказал(а):Сразу возникает вопрос, с какого бока P в Сибири и у индейцев, например, каких-нибудь дивергентных потомков K нет? Зато на югах какие-то всякие реликтовые K2c на Бали, K2d на Яве и всё такое...
Или просто прилежно смотрели таблицы (с деревьями)? И сверяли их с какими-то другими таблицами, где субкладам поставлены в соответствие карты их распространения?
А может на ближнем Востоке тоже есть реликтовые К? Или нету?Я за южный маршрут, там разнообразие на югах повыше вроде.Alamak сказал(а):
Если с севера шли бы, то почему в Сибири и у индейцев, например, каких-нибудь дивергентных потомков K нет? Зато на югах какие-то всякие реликтовые K2c на Бали, K2d на Яве и всё такое...
И для определения мест дивергенции R от Q и P(RQ) от MS нужно искать, где распространы реликтовые (самые прикорневые) R, Q, P, М и S
Реликтовые Q и P тоже распространены на югах?
А есть ли примеры такой путаницы у Клесова?
Кстати на русскоязычных вики про гаплогруппы (написано, что это ISOGG Y-DNA Haplogroup Tree 2015 (1 February 2015)) на дереве гаплогрупп М и S являются потомками О
А на ангийском дереве гаплогрупп http://www.phylotree.org/Y/Y_tree_skeleton.pdf (написано, что из van Oven M, Van Geystelen A, Kayser M, Decorte R, Larmuseau MH.
Seeing the wood for the trees: a minimal reference phylogeny for the human Y
chromosome. Hum Mutat 2014; 35(2):187-191. doi:10.1002/humu.22468) MS являются сестринскими по отношению к P(RQ)
Что правильнее?
asan-kaygy
Цензор
Куча. в последней работе по кыргызам спутал два разных субклада и получил фантомный возраст.
asan-kaygy
Цензор
Нет. Гуру ошибок не признает.
asan-kaygy
Цензор
http://aklyosov.home.comcast.net/~aklyosov/07_10_2014.pdf
Девять из них идентичны друг другу, как дерево гаплотипов и
показывает (девять одинаковых коротких палочек на вершине дерева) –
это базовые, или предковые гаплотипы. Они не успели мутировать за
время, прошедшее от их общего предка. На все 27 гаплотипов
приходится 27 мутаций (отмечены), что дает 27/27/0.02 = 50 53
условных поколения, то есть 1325±290 лет до общего предка. Это –
примерно 7-й век нашей эры, плюс-минус три века. Погрешность
определяется по обычным правилам математической статистики.
Значительная погрешность, несколько более 20%, вызвана тем, что в
серии всего немного гаплотипов, и все короткие, да и мутаций мало.
Были бы несколько сотен гаплотипов, да 67-маркерных, то и надежность
Проверить расчеты можно с помощью логарифмического метода
(Klyosov, 2009a), даже не считая мутации. Поскольку в серии из 27
гаплотипов 9 базовых, то получаем [ln(27/9)]/0.02 = 55 58 условных
поколений, то есть 1450±500 лет до общего предка. Как видно, это в
пределах погрешности расчетов совпадает с величиной, полученной
линейным способом. Для концептуальных выводов это вполне
приемлемо.
Девять из них идентичны друг другу, как дерево гаплотипов и
показывает (девять одинаковых коротких палочек на вершине дерева) –
это базовые, или предковые гаплотипы. Они не успели мутировать за
время, прошедшее от их общего предка. На все 27 гаплотипов
приходится 27 мутаций (отмечены), что дает 27/27/0.02 = 50 53
условных поколения, то есть 1325±290 лет до общего предка. Это –
примерно 7-й век нашей эры, плюс-минус три века. Погрешность
определяется по обычным правилам математической статистики.
Значительная погрешность, несколько более 20%, вызвана тем, что в
серии всего немного гаплотипов, и все короткие, да и мутаций мало.
Были бы несколько сотен гаплотипов, да 67-маркерных, то и надежность
Проверить расчеты можно с помощью логарифмического метода
(Klyosov, 2009a), даже не считая мутации. Поскольку в серии из 27
гаплотипов 9 базовых, то получаем [ln(27/9)]/0.02 = 55 58 условных
поколений, то есть 1450±500 лет до общего предка. Как видно, это в
пределах погрешности расчетов совпадает с величиной, полученной
линейным способом. Для концептуальных выводов это вполне
приемлемо.