Аутодафе планировались задолго до их проведения. В ходе одной церемонии собиралось и объявлялось как можно больше приговоров трибунала инквизиции. Начиная с середины XVI века, аутодафе проводились по воскресеньям или религиозным праздникам. О мероприятии нужно было объявить как минимум за неделю. Однако обычно публику приглашали присутствовать в качестве свидетелей более чем за месяц до этого.
[ 12 ] Аутодафе, как правило, проводились на центральных площадях. Для должностных лиц возводилась платформа, для обвиняемых – трибуна, а для зрителей – скамейки.
Во второй половине дня накануне назначенного дня состоялось «Шествие Зеленого Креста», в ходе которого символ инквизиции был доставлен из местного штаба инквизиции к запланированному месту аутодафе, где его поместили на алтарь. Затем белый крест был доставлен к месту казни.
На следующий день, перед рассветом, в штаб-квартире инквизиции была отслужена месса, и была организована процессия. Во главе процессии шла группа вооруженных солдат. За ними следовали обвиняемые, которые были расставлены в соответствии с тяжестью ожидаемого наказания. Те, кому грозило легкое наказание, должны были носить желтый санбенито с красным крестом Святого Андрея спереди и сзади. Черные покаянные одежды тех, кому грозило более суровое наказание, были украшены пламенем или изображениями демонов. Они также носили карочу
, на которой изображения символизировали их преступление.
[ 13 ] За процессией следовали мертвые и отсутствующие обвиняемые, представленные чучелами в
санбенито . Кости умерших были помещены в ящики, которые впоследствии были сожжены. Процессия завершилась участием должностных лиц и судей инквизиционного суда в сопровождении местного епископа и духовенства, а также представителей светской системы правосудия.
Церемония началась с проповеди председательствующего судьи. Затем была зачитана присяга на верность Святой Инквизиции, на которую все присутствующие ответили коллективным «Аминь». После этого приговоры были зачитаны вслух по отдельности. Затем состоялось торжественное отречение и примирение, завершившее церемонию.
[ 14 ] Приговоренных к смерти секретарь трибунала передавал светским властям и отводил к погребальному костру, который обычно располагался на окраине города, где и приводились приговоры в исполнение.