Интересное объяснение причин перемирия 1559 года приводится в Википедии:
"После зимнего рейда 1559 года Иван IV предоставил Ливонской конфедерации перемирие (третье по счёту) с марта по ноябрь, не закрепив при этом свой успех. Этот просчёт был обусловлен рядом причин. На Москву оказывалось серьёзное давление со стороны Литвы, Польши, Швеции и Дании, имевших свои виды на ливонские земли. С марта 1559 г. литовские послы настоятельно требовали от Ивана IV прекратить военные действия в Ливонии, грозя, в противном случае, выступить на стороне Ливонской конфедерации. Вскоре с просьбами прекратить войну обратились шведские и датские послы.
Своим вторжением в Ливонию Россия также затрагивала торговые интересы ряда европейских государств. Торговля на Балтийском море тогда росла из года в год и вопрос, кто её будет контролировать, был актуален. Ревельские купцы, лишившиеся важнейшей статьи своих прибылей — дохода от российского транзита, жаловались шведскому королю: «Мы стоим на стенах и со слезами смотрим, как торговые суда идут мимо нашего города к русским в Нарву».
Кроме того, присутствие русских в Ливонии задевало сложную и запутанную общеевропейскую политику, нарушая баланс сил на континенте. Так, к примеру, польский король Сигизмунд II Август писал английской королеве Елизавете I о значении русских в Ливонии: «Московский государь ежедневно увеличивает своё могущество приобретением товаров, которые привозятся в Нарву, ибо сюда помимо прочего, привозится оружие, до сих пор ему не известное… приезжают военные специалисты, посредством которых, он приобретает средства побеждать всех…».
Перемирие так же было обусловлено разногласиями по поводу внешней стратегии в самом российском руководстве. Там, кроме сторонников выхода к Балтийскому морю, были выступавшие за продолжение борьбы на юге, против Крымского ханства. Фактически главным инициатором перемирия 1559 г. стал окольничий Алексей Адашев. Эта группировка отражала настроения тех кругов дворянства, которые кроме устранения угрозы со стороны степей, желали получить крупный дополнительный земельный фонд в степной зоне. За время этого перемирия, русские нанесли удар по Крымскому ханству, который, впрочем, не имел существенных последствий. Более глобальные последствия имело перемирие с Ливонией."
Видимо кроме давления со стороны дворянства (или все же боярства) было политичское давление со стороны будущей антироссийской коалиции. Кстати зная Ивана Грозного, не удивлюсь, если против войны выступали дворяне, а он все свалил на бояр.