Возможно, дело было не только в "женской породе" Софьи. Скажем, патриарх Иоаким был противником царевны по причине того, что, де, Софья поддерживала "папежников" (послабления католикам и протестантам в ее правление), кроме того, в первые годы правления Федора Иоаким был одним из де-факто регентского совета при юном царе, а с 1682 года ситуация изменилась в этом смысле в сторону Софьи, и патриарх сильно потерял.
В остальном же, Софья не могла слишком опереться на неродовитое дворянство, т.к. там заведовали ее неприятели Нарышкины, а родовитое боярство было недовольно, что Милославские и царь Федор уничтожили местничество.
Короче говоря, она была недостаточно радикальна для поддержки ее неродовитым дворянством, и слишком либеральна для родовитого.
, но это пустое. Скажу только, что очень удивительно, что софья фактически не боролась за власть не в 1689-м, а в течение всего периода с 1682-го по 1689-й - не обеспечила себе социальную базу для продолжения правления. Это удивительно на фоне того, что она оказалась настолько энергична, что стала официальной регентшей, правительницей, причем в отличие от Елены Глинской фактически выбила себе эту власть, даже не будучи старшей сестрой.
Задал поиск в Гугле, а вот Википедию посмотреть не догадался.